劇情 處理郵局強盜事件後，佐藤刑事想起了3年前的連續炸彈事件。忘不了用自己的生命來換取炸彈所在地點的松田刑事。然而，與3年前同壹天的11月7日，又收到炸彈預告的傳真。發信人似乎與3年前連續炸彈事件的犯人是同壹人。佐藤、高木2刑事與少年偵探團開始從傳真的文字內容推理炸彈的地點。
第二個 第三部劇場版 世紀末的魔術師
劇情 主要內容:柯南最強的對手－－“怪盜KID”再次登場，這次是竊取壹顆羅曼諾夫王朝的皇室秘寶“回憶之蛋”。同時,小蘭也開始懷疑柯南與新壹的關系，名偵探——江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，也是史上最難解的謎團！透過彩蛋，可以看到俄國沙皇尼古拉二世的全家福，很感人的畫面。
而這彩蛋也引來了殺身之禍。
在制作此劇時，工作人員為了貫徹柯南系列所特有的那種寫實場景風格，拍攝了大量的實景照片，取景地點從大阪到橫須賀，範圍大到豪華客輪小到民宿民宅，連步美所住的那棟豪華住宅，就是取景於青山剛昌本人所居住的高級住宅樓。本片中的登場人物非常之多，幾乎柯南系列中的所有人物都出現了，尤其是慣偷KID常常變裝，在眾人的眼皮下以多種形象出現，但因為故事情節的巧妙編排，所以看起來並無雜亂無章之感，反而顯得更加的跌宕起伏，曲折動人。
看點
1毛利小五郎雖說還是和往常壹樣，對於暗號（本集中KID發出的預告函）做出發育不良的推理，但柯南的推理與後來在城堡中暗號的精彩解密，都很值得關註．
2KID在開場時被殺手槍襲,生死未蔔,以及出乎意料的便裝,對於怪盜迷來說的確是不可錯過的精彩鏡頭.
3KID與柯南之間的微妙關系．兩人可以說是天敵，但兩人父輩是至交，包括到影片末尾KID解救柯南，都為這位天才大盜與天才偵探的“愛情”蒙上壹層白紗。（本句參考《黃昏之館》中KID的壹句話。）
4蘭對柯南身份的懷疑．這也是本集的壹條線索
羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，看還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。
到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀 也壹同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在壹個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。
但專門狙擊人右眼的神秘殺手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南(新壹)的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，“新壹”出現了……
釋題
KID的預告以“世紀末的魔術師”署名，暗合20世紀末的播出時間。其實指的是彩蛋的制作者，1900年的事了
4.瞳孔中的暗殺者
（2000）
很有懸念的壹部。劇中小蘭身處案發現場，由於種種原因而失憶了。但是因為連續殺人犯在開槍時，被小蘭看到了他的模樣，而小蘭即遭到了隨時被狙擊的命運！同時這件殺人案又有可能牽連警察內部，平時值得信任的刑警也被當作了嫌犯。為了喚起小蘭的記憶最好的方法就是讓他見到新壹，但是……柯南又要如何化解這次的危機！究竟犯人是誰？會是普通小嘍嘍，或是為居高階級的警察官！？柯南即將面臨史上又壹次最大危機！！這次的高潮部分發生在新壹變小的那個遊樂場，這次柯南又要壹顯他特工般的滑板工夫了……
5.通往天國的倒計時
（2001）
該劇場景取材開始於永樂町的東京寶冢劇場正在興建的工地為題材.電梯的纜線斷裂的爆破場面、配電室的破壞所引發的停電、切換自己發電等等……壯觀場面為創作構想是第5彈的重點。劇場屋頂、觀眾席上方的興建工程，地下停車場…等等都是取景的所在地。 這次少年探偵団的戲份很多唷，少年偵探隊的大活躍呢!黑暗組織也隆重登場，當然啦，反派就是黑暗組織。請大家拭目以待 。
青山老師將會在原作配合第五彈電影劇情，再次讓黑暗組織出場，再讓電影劇情銜接。這是繼青山老師在漫畫中讓KID下戰帖，幫忙為「世紀末的魔術師」下伏筆之後，第二次幫電影銜接劇情。
終於那些家夥全員出動，看不見出口的殺人遊戲，現在，終於開始…… 危險的陷阱讓時間陷入停止。 那些黑衣人的背後擁有兇惡的陰謀，這些家夥目的到底為何 以地面上300公尺的摩天大樓為死亡舞臺，魔鬼般的手正在暗處悄悄伸向柯南！……
主題曲：always
6.貝克街的亡靈
（2002）
東京·米花市·米花市政大樓，這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能(由澤田弘樹制造)闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲……
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
本劇中，小蘭與灰原都有為柯南犧牲的表現！！！！！！！！！
7.迷宮的十字路口
《迷宮的十字路口》在東京有個“西國立市”神社，那裏有三名可疑男子在密談。突然有個戴著老翁面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此事件同時，大阪，京都也相繼發生了殺人事件。
根據搜查的結果，警視廳發布，被殺的5人都是往返東京?大阪?京都三大城市盜竊著名佛像和美術品的盜竊集團成員。他們似乎是以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。是對盜竊集團懷恨之人所為嗎？還是內部分裂而殺人呢？警視廳對犯罪動機也沒有掌握有力的線索…… 壹方面，小五郎帶著柯南，蘭，園子到訪京都。在由緒的寺院——山王寺的住持告訴他們，8年前國寶級的佛像被盜走了，委托他們解讀可以判斷佛像藏匿地點的迷樣的畫像。
柯南從佛像被盜的事情懷疑是盜竊集團所為，事件開始向破解的方向進展。但很快，在他到達義經?弁慶的傳說流傳的make by whyarmy歷史遺跡——最著名的京都五條大橋開始追尋時，有個手持竹刀的男人突然來襲！ 在京都的五條大橋上，高個男子弁慶揮起長刺刀，牛若丸刀直劈而下！在欄桿上瞬間閃過的柯南驚奇的看到那個男子！那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探-服部平次。平次是知道柯南的真實身份就是工藤新壹的少數幾人之壹。他也是為了追尋在大阪發生的盜竊集團成員被殺事件的真相到了京都。總是在較勁的柯南與平次這次為了查出事件的真相而戮力合作。
但是，兩人身邊有個戴著老翁面具的黑影男人！ 在綿密交織的京都十字路口上，隱藏於歷史暗影中的謎團與陷阱向柯南等人襲來！棘手案件與敏銳推理，友情與戀愛……還有全明星隊伍的聲優陣容！而且柯南的身體終於……？！
8.銀翼的魔術師
壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，小蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！
當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起。這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟夫王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
飛機上的危險壹個接著壹個，柯南他們究竟如何脫險？
9.水平線上的陰謀
（2005）
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。
時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。
鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿弗蘿蒂特號上，這是根據希臘神話中愛與美的女神阿弗蘿蒂特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
10.偵探們的安魂曲（偵探們的鎮魂歌）
（2006）
接受謎樣男子的委托，小五郎和柯南壹行人前往橫濱。但是，卻中了那名男子的圈套，蘭和少年偵探團被扣為人質。男子限時12小時。該期間內若不能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新壹！
“關西的高中生偵探”服部平次、怪盜KID以及（基德扮的）白馬探也會登場！！
時間壹分壹秒的流逝。看四人的智慧較量與夥伴間的團結合作能否解開事件的關鍵、在規定時間內平安解救出蘭等人？謎壹般的委托人，黑影的真正身份是……
11.紺碧之棺 （深藍色的海盜旗）
（2007）年出版
在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolly Roger”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
12.戰栗的樂譜（戰栗的總譜）
（2008）
戦栗の楽譜近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。
而在音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲,飄流在河流中,蘭等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了準確的音調,順利向警察求助,柯南等人在音樂會場外心急如焚,音樂會場內的所有人卻因為音樂館的隔音效果不知道任何危險的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最後，進入了音樂會場的柯南找出了兇手，柯南和會場內的所有人命懸壹線。千鈞壹發之際，灰原用元太的豎笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是狙擊（shoot)，佐藤從另壹個地方開槍，兇手手中的遙控器掉落,被高木抓獲。調音師說出了殺人的理由，和鋼琴家解除了誤會。
等小蘭他們要走時，發現柯南不見了。噴泉處傳來壹陣小提琴的聲音，小蘭聽出是新壹在演奏，便追了過去。結果卻看到柯南拿著小提琴，說新壹已經走了。故事在美麗的樂曲與月光下的蘭和柯南中結束。
[編輯本段]13 漆黑的追跡者
壹如以往，柯南果然繼續有劇場版。並且，這壹次的內容說的是有關黑衣組織的。
這次的新作全名為《名偵探柯南：漆黑的追跡者》（名探偵コナン 漆黒の追跡者），與前作壹樣予定於2009年4月上映。新作中出現在柯南面前的強敵就是當年灌他吃毒藥以至他變成小孩子的神秘黑衣男琴酒，這次，此兩名宿敵的再次對抗將成為新作的壹大看點。此外，這也是黑衣男自第5作《通向天國的倒計時》之後第二次在劇場版登場。
劇情預告
劇場版搬出了久違的“黑暗組織”，上壹次出現是第5部《天國的倒計時》。今次的故事劇情主要講述以東京為中心，發生了6件大範圍的連續殺人事件。並且每個死者臨死前都說了壹句：“七夕，節日……”隨後就死去。除了目暮警官、其他各縣的刑警們，還有小五郎都參加了搜查會議。在機緣巧合之下，柯南偶然發現從會議場溜出的壹位刑警乘上了壹輛跑車。柯南瞬間愕然，“那輛車…。難道，是琴酒的！”這毫無疑問是“黑暗組織”中的壹人喬裝打扮進入會議場地，然後乘坐琴酒的跑車逃走。連續殺人事件的兇手毫無疑問是“黑暗組織”的人。故事在此刻壹觸即發!如果工藤新壹還活著的事被琴知道了，不僅是新壹，和他有關聯的柯南和其朋友們也會被抹殺掉。知道事情的極度嚴重性後，柯南開始了單獨搜查。
參考資料：