引物序列的 GC 含量壹般為 40-60%,過高或過低都不利於引發反應。
上下遊引物的 GC含量不能相差太大。
引物自身不應存在互補序列,否則引物自身會折疊成發夾結構Hairpin使引物本身復性。
這種二級結構會因空間位阻而影響引物與模板的復性結合。
引物自身不能有連續4個堿基的互補。
兩引物之間也不應具有互補性,尤其應避免3′ 端的互補重疊以防止引物二聚體Dimer與Cross dimer的形成。
引物之間不能有連續4個堿基的互補。
引物二聚體及發夾結構如果不可避免的話,應盡量使其△G值不要過高應小於4.5kcal/mol,?G 值是指 DNA 雙鏈形成所需的自由能。
該值反映了雙鏈結構內部堿基對的相對穩定性,否則易導致產生引物二聚體帶,並且降低引物有效濃度而使PCR 反應不能正常進行。
擴展資料:
體外擴增DNA,雙螺旋是部分或完全打開的,不存在岡崎片段,也不會壹段段延長,理論上正反引物都是不間斷延長的,和體內DNA自我復制是有區別的。
正向引物上遊引物是沿著負鏈進行不間斷延長的。
正鏈即有義鏈,也稱編碼鏈,壹般位於雙鏈DNA上端,方向從左到右為5'——3',堿基序列和該基因mRNA基本相同;與該鏈結合的引物為反向引物; 負鏈即無義鏈,也稱非編碼連,和正鏈互補,與該鏈結合的引物為正向引物。
PCR反應中有兩條引物,即5′端引物和3′引物。
設計引物時以壹條DNA單鏈為基準常以信息鏈為基準,5′端引物與位於待擴增片段5′端上的壹小段DNA序列相同;3′端引物與位於待擴增片段3′端的壹小段DNA序列互補。
引物設計的基本原則: ①引物長度:15-30bp,常用為20bp左右。
②引物堿基:G+C含量以40-60%為宜,G+C太少擴增效果不佳,G+C 過多易出現非特異條帶。
ATGC最好隨機分布,避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。
③引物內部不應出現互補序列。
④兩個引物之間不應存在互補序列,尤