藍藻的分類與科屬藍藻包括藍球藻、顫藻和念珠藻。
藍藻屬藍藻門分為兩綱：色球藻綱和藻殖段綱。色球藻綱藻體為單細胞體或群體；藻殖段綱藻體為絲狀體，有藻殖段。藍藻在地球上大約出現在距今33～35億年前，已知藍藻約2000種，中國已有記錄的約900種。分布十分廣泛，遍及世界各地，但大多數（約75%）為淡水產，少數為海產；有些藍藻可生活在60～85℃的溫泉中；有些種類和菌、苔蘚、蕨類和裸子植物***生；有些還可穿入鈣質巖石或介殼中（如穿鈣藻類）或土壤深層中（如土壤藍藻）。
藍球藻藍球藻呈細胞球形、半球形。壹般由2、4、8、16或更多細胞（很少超過64或128個細胞）所組成的群體，單個的較少見。每個細胞內含有均勻的或做不規則運動的小顆粒體。假空泡或有或無。細胞的色素區的色彩白灰色以至淡藍綠色、藍綠色、橄攬綠色、橙黃或藍紫色等。每個細胞外都被有質地均勻，具有層理的個體衣鞘，借此與群體中的各細胞相互分開；群體的膠質衣鞘較厚，均勻或有層理，堅固或因含多量水分而柔弱透明。細胞分裂面有三個。在群體中的有些細胞，有時兩細胞的相貼靠處大多平直呈現棱角，因此細胞往往呈半球形。常見的種類有湖沼色球藻、束縛色球藻、小形色球藻和微小色球藻。
念珠藻藍藻門的壹目。藻體為多細胞的絲狀體，單壹或多數藻絲在公***的膠質被中。藻絲單列，細胞為球形、橢圓形、圓柱形、腰鼓形等，同大，或從基部至梢端逐漸變細；藻絲平直，彎曲或規則地卷曲、旋繞；絲狀體無分枝或具各式樣的偽分枝；具膠鞘，鞘內有壹至多條藻絲。依屬種的不同，其膠鞘為透明無色或有顏色，均質或有層理，膠狀或堅韌；藻絲大多數具異形胞，為球形，長球形或錐形，位於藻絲的基部（基生）、在營養細胞之間（間生）、或在藻絲的兩端（端生）；偽分枝發生的位置往往和異形胞有關。有許多屬具厚壁孢子，基生或間生，有時（例如念珠藻屬）在整個藻絲上除異形胞外，其全部的營養細胞都可發育成厚壁孢子。有許多屬產生段殖體進行繁殖。
本目下分5科：念珠藻科、微毛藻科、膠須藻科、偽枝藻科和顫藻科。
亦有將顫藻科另列為顫藻目的，因為它缺異形胞和厚壁孢子，體制上與其他幾科有明顯差異。
本目藍藻有的可做食用，如發菜、葛仙米、螺旋藻等；有許多能固氮，可作為生物肥源，如魚腥藻、單歧藻等。有壹些種類是引起水體水華的主要種類，有重要的生態意義。
色球藻色球藻是藍藻門的壹目。原植體為單細胞或群體。群體為球狀，平板狀，立方體狀，不定形團塊狀，或形成假絲狀；自由浮沈或附著於基質上。多數屬種的細胞無頂部和基部的分化；細胞為球形、橢圓形、長圓形、柱形、梨形等；細胞壁分內外兩部分，內層含有纖維素，密貼於原生質體外，外層為果膠質，無色而透明，或呈黃、棕、紅等色，均質或呈明顯的層理。群體中的細胞被包埋在公***的膠被中，由此組成壹定形狀或不定形群體。繁殖方法為細胞分裂或群體斷裂，分裂面有1個、2個和3個的區別。
色球藻現有35個屬，250種。絕大多數為淡水產。分布極廣，在各種生境中部能生存；水生的屬種多數營浮遊生活，或附著於水體中的物體上；亞氣生及氣生的屬種，多數聚集成各式團塊狀，黏附在各種基質如石塊、墻壁、樹幹、蘚類以及比較大形的其他藻類植物體或其膠質分泌物上。有三個科：色球藻科、石囊藻科和藍柄藻科。
色球藻科種類多，分布廣，最常見的有色球藻屬、粘球藻屬、粘桿藻屬、束球藻屬、腔球藻屬、平裂藻屬、隱球藻屬、隱桿藻屬等，星球藻屬為中國特有屬，分布於西南、華南各省。
寬球藻藍藻門的1目。本目植物的原植體的構造及繁殖，雖比許多具段殖體的藍藻簡單，沒有異形胞，不產生段殖體和厚壁孢子，但其藻體有直立部和匍匐部分化的異絲體性機構，則又為高級型的性質；此外，此中某些屬種有假薄壁組織的出現，亦表明在系統地位上的高級型。本目種類有的生長於海邊的高潮線區，有的生於湖泊的潮間區、山間急流的巖石上，有的為海洋大型藻體的附植藻類。寬球藻可分為藍枝藻科、寬球藻科兩科。
藍藻的分布藍藻分布很廣，在淡水和海水中、潮濕和幹旱的土壤和巖石上、樹幹和樹葉以及溫泉、冰雪，甚至在鹽鹵池、巖石縫等處都可生存，有些還可穿入鈣質巖石或鈣質皮殼中（如穿鈣藻類）生活，具有極大的適應性。在熱帶、亞熱帶的中性或微堿性生境中生長特別旺盛。有許多種類是普生性的，如陸生的地木耳，不僅存在於熱帶、亞熱帶和溫帶，在寒帶甚至南極洲亦有發現。
藍藻的抗逆性很強，能耐幹旱，有些幹燥標本存貯65～106年還可保持活力。中國的固氮魚腥藻幹燥保存19年後再重新培育時還能生長和固氮。有些藍藻能在76℃溫泉中生長繁殖，有的在54℃條件下還能生長固氮（如鞭枝藻）；有的可抗-35℃的低溫（如地木耳）；有壹些在過飽和鹽水中也可生長。因此，藍藻常是先鋒植物。
藍藻是壹門藻類植物，是能進行光合作用放氧的原核生物。也有人把藍藻劃為生物的壹界——藍菌界。單細胞個體或群體，或為細胞成串排列組成藻絲（細胞列）的絲狀體，不分枝、假分枝或真分枝。具核質，無核膜；色質區主要由類囊體及其有關結構，藻膽體和糖原顆粒等所組成，具葉綠素a、藻膽素、胡蘿蔔素、類胡蘿蔔素等光合色素，但無葉綠體膜，不形成葉綠體；具細胞壁。藍藻在地球上已存在約30億年，是最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。現已知藍藻約2000種，中國已有記錄的約900種。