壹、性質不同
1、汗血寶馬：是真實存在的寶馬，阿哈爾捷金馬的別稱。
2、赤兔馬：傳說故事中的馬駒，不壹定存在，《三國誌》中呂布坐騎。
二、特點不同
1、汗血寶馬：頭細頸高，四肢修長，皮薄毛細，步伐輕盈，力量大、速度快、耐力強。
2、赤兔馬：兔頭、半兔頭的馬，特征是鼻以上部分微微向外突出，有些像兔子的頭。從現代馬的體質看，兔頭的馬，多是重型馬，其特點是身體強壯，力量大，也是馬中最為高大的品種。從赤兔馬的顏色看，當是棗騮色，也就是通常所說的紅色。這種顏色正是中亞壹帶草原馬的典型毛色。
三、分布區域不同
1、汗血寶馬：分布於土庫曼斯坦。
2、赤兔馬：分布於西域、內蒙古。
百度百科-赤兔馬
百度百科-汗血寶馬