IEF測量蛋白質等電點操作時應註意如下：
蛋白質的雙向電泳的向為等電聚焦（Isoelectrofocusing，IEF），根據蛋白質的等電點不同進行分離，第二向為SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳（SDS-PAGE），按亞基分子量大小進行分離。經過電荷和分子量兩次分離後，可以得到蛋白質分子的等電點和分子量信息。需要註意：
1、壹向聚焦與二向電泳之間需要平衡，時間視蛋白質的性質而定，壹般為10min，多不超過15min。
2、過量的上樣量會引起雙向圖形畸形，特別在壹向聚焦時，當樣品濃度超過5mg時，則蛋白質凝聚和沈澱，使二向時產生水平和垂直條紋。
3、含尿素的試劑均應避免過高的溫度處理，壹般不要超過30℃，否則尿素分解產生異硫氰酸鹽會引起羧基甲酰化而導致電荷不均壹性。
4、向中過量的去汙劑會嚴重影響雙向電泳圖譜，因此聚焦完畢進行平衡前，用雙蒸餾水沖洗膠條，以除去殘留的去汙劑。
5、雙向電泳中雙向凝膠間的界面緊密接觸非常重要，如果接觸不好或者兩者之間留有氣泡，則導致轉移時分子擴散。
等電聚焦的優點：
等電點聚焦就是在電泳槽中放入載體兩性電解質，當通以直流電時，兩性電解質即形成壹個由陽極到陰極逐步增加的pH梯度，當蛋白質放進此體系時，不同的蛋白質即移動到或聚焦於與其等電點相當的pH位置上。
電聚焦的優點：有很高的分辨率，可將等電點相差0.01-0.02pH單位的蛋白質分開；壹般電泳由於受擴散作用的影響，隨著時間和所走的距離加長，區帶越走越寬，而電聚焦能抵消擴散作用，使區帶越走越窄。
由於這種電聚焦作用，不管樣品加在什麽部位，都可聚焦到其電點，很稀的樣品也可進行分離；可直接測出蛋白質的等電點，其精確度可達0.01pH 單位。