1、種屬不同。花金龜屬於金龜子總科的壹科，糞金龜是鞘翅目金龜子總科下的壹個並系群。
2、食物不同。花金龜喜食各種作物、果木、樹林等，尤其喜食腐爛果實、玉米花絲及樹幹流液幼蟲，糞金龜主要以動物的糞便為食，喜歡把動物的糞便滾成球。