壹、培養對象不同：
1、YEB培養基用於農桿菌活化後單菌落擴增的培養。
2、YEP培養基營養豐富，有利於農桿菌的生長發育。用於農桿菌的分離培養。
二、成分不同：
1、YEB培養基：牛肉浸膏、酵母浸膏、蛋白腖、蔗糖。
2、YEP培養基：牛肉浸膏、酵母提取液、NaCl。
培養基供給微生物、植物或動物（或組織）生長繁殖的，由不同營養物質組合配制而成的營養基質。壹般都含有碳水化合物、含氮物質、無機鹽（包括微量元素）、維生素和水等幾大類物質。
擴展資料：
1、選擇性培養基：壹類根據某微生物的特殊營養要求或其對某化學、物理因素的抗性而設計的培養基，具有使混合菌樣中的劣勢菌變成優勢菌的功能，廣泛用於菌種篩選等領域。
2、鑒別培養基：壹類在成分中加有能與目的菌的無色代謝產物發生顯色反應的指示劑，從而達到只須用肉眼辨別顏色就能方便的從近似菌落中找出目的菌菌落的培養基。
3、組合培養基：合成培養基是根據天然培養基的成分，用化學物質模擬合成、人工設計而配制的培養基。
4、半組合培養基：指壹類主要以化學試劑配制，同時還加有某種或某些天然成分的培養基。
百度百科-培養基