當時的水師軍隊戰船破爛、士氣低下，很多水員都自己幹小買賣去了，海盜猖狂，但是卻沒有人去管理，只有阮元壹人撐起了這樣的水師軍隊，重新鼓舞士氣，得到朝廷資助，運用手段，多次擊敗海盜，最後以海盜首領自殺結束。
嘉慶年間，海邊和沿海村莊並不安穩，海盜十分猖獗。期間其實是有官員上報朝廷關於水師船只破爛、士兵罷工的事情，但是不知道為什麽，朝廷那邊就是遲遲沒有壹個結果遲來，幾年過去了，那些士兵不得不自己做些小生意來養活自己，甚至有人將船只上面有用的東西賣給海盜，海盜還上岸搶劫附近村莊，但是卻沒有人抵抗。
直到阮元擔任了浙江巡撫，才開始有人在意起浙江水師。阮元壹上任就在意到了海盜的威脅，他前去考察，發現了重大的漏洞，立刻向皇帝嘉慶請求支援，嘉慶帝十分贊同他的做法，於是船只被安裝上了高級壹點的武器，士兵被重新召回，並且阮元還成立了兩個額外的分隊，名叫?水鬼隊?和?走卒隊?。
整頓好了水師之後，阮元就開始制定計劃對付海盜了。阮元先是重新鼓舞了士氣，保證了他們衣食無憂，自己也以身作則，早出晚歸的工作，士兵們看見之後都很有動力，加上裝備好的海船，浙江水師輕而易舉打敗了海盜，海盜慌忙逃走。
本來以為海盜已經怕了，沒想到在水師返回浙江的時候，遭到了安南海盜的攻擊。當時水師才剛剛打完仗，士兵都已經疲倦了，加上安南海盜竟然有壹萬多人，浙江水師真的太單薄了，於是阮元趕緊尋求周邊水師的幫助，但是還沒來得及等到援軍，安南海盜便攻擊了他們，本以為就這樣葬送在那裏了，但是壹陣海浪和暴風將海盜的船都損傷了，浙江水師取得了勝利。