清華大學由中華人民***和國教育部直屬，位列“211工程”、“985工程”，入選”珠峰計劃“、”2011計劃“、”111計劃“、”卓越工程師教育培養計劃“、”卓越法律人才教育培養計劃“、”卓越醫生教育培養計劃“，是C9聯盟、東亞研究型大學協會、環太平洋大學聯盟、清華—劍橋—麻省理工學院低碳能源大學聯盟成員，中管副部級建制。
截至2014年3月31日，清華大學正在運行的科研機構***322個，其中政府部門批準建立的科研機構***123個，包含國家實驗室（籌）1個，重大科技基礎設施1個，國家大型科學儀器中心2個，國家重點實驗室13個，國家工程實驗室7個，國家工程研究中心4個，教育部重點實驗室17個，北京市重點實驗室13個。