玉巖書院東接蘿峰寺，兩者連為壹體，占地***1348平方米。書院的余慶樓、玉巖堂、蘿坑精舍、東西齋，與蘿峰寺的觀音殿、天尊堂、韋馱香座、僧寮、僧櫥等檐廊相接，幽靜清雅。
寺外大路上有壹座“入勝”牌坊。過此即漸入林木蔥籠的佳境。兩進深的文昌廟，“天密雲路”石牌坊，以及候仙臺、千年古荔、奇異石景可供欣賞。蘿崗洞青山環抱，深冬時節，梅花如雪。“蘿崗香雪”曾是羊城八景之壹。
書院南向兩層的門樓——余慶樓巍然屹立在山坡上，門前石階數十級，臺基高峻，顯得雄偉壯觀。東西兩翼為平房，稍向前突出，有“蘿蜂”、“種德”二門相對。當中高兩翼低，主次分明，把門樓襯托得更有氣魄。
余慶樓平面呈凹字形，當中為觀魚池，三面以廊式樓圍抱，後與玉巖堂相連。余慶樓重檐歇山頂，碌筒瓦面，正面面闊5間16.7、深1間3.8米，5架通檐用2柱，柱外施插栱。門上“玉巖書院”木匣署嘉靖年款。
玉巖堂建在與余慶樓2層等高的臺基上，面闊3間15.2，進深3間8.7米，13架3柱加後墻承重。碌筒瓦面，硬山頂大木小式。前廊卷硼上半2檁以雕如意形等的木雕承托。石檐柱有隸書聯：“滿壁石欄浮瑞靄；壹池溪水漾澄鮮。”
觀音殿、天尊堂、蘿坑精舍等殿堂均為清代硬山頂大木小式，面闊進深各3間，13架3柱加後墻承重。各處墻腳、柱礎和地面多已換成花崗石，裝修古樸。整座建築基本保持清代中晚期重修式樣。
總體布局巧妙而富於變化。以余慶堂為主，左右建築物相輔，主次分明，但又不受傳統對稱手法局限，因山勢而高低錯落，橫向鋪開，並以深邃曲折的回廊連貫全體，韻味無窮。這裏處處奇花佳木，清香滿堂，室內外翠色交融，山泉清清，引入葫蘆狀的石質洗心池中，再導入觀魚池。整座建築與山林景色十分協調。