1、主管部門不同：福建師範大學是福建省人民政府與中華人民***和國教育部***建高校；福建師範大學福清分校是福建省教育廳和福建師範大學雙重管理的高校，是福建師範大學的重要有機組成部分。
2、師資力量不同：福建師範大學有1800多名專任教師，擁有國際歐亞科學院院士1人、雙聘院士3人；福建師範大學福清校區有教職工500多人，每周1、3、5都會派校車前往師大接老師來上課。
3、錄取分數不同：福建師範大學福清校區的錄取分數線比福建師範大學的錄取分數線低。
4、?學科建設不同：福建師範大學福清校區設有經濟與管理學院、文化傳媒與法律學院、教育學院、外國語學院、體育學院、電子與信息工程學院、海洋與生化工程學院、馬克思主義學院等8個二級學院，全日制本科在校生6200多人；
福建師範大學涵蓋文、史、哲、理、工、教、經、法、管、農、藝等11個學科門類。擁有國家重點學科1個、省高峰學科8個、高原學科14個，博士後科研流動站19個，博士學位授權壹級學科21個，碩士學位授權壹級學科34個，碩士專業學位授權點19個。全日制普通本科學生2.3萬多人，各類研究生7000多人。
但是福建師範大學福清校區的學生畢業後由福建師範大學統壹頒發畢業證書和學位證書，在這壹點上與福建師範大學的畢業生沒有區別。
擴展資料：
福建師範大學福清校區現有五馬山、石竹山2個校區。校園占地面積760多畝，新校區規劃用地2119.74畝。設有經濟與管理學院、文化傳媒與法律學院、教育學院、外國語學院、體育學院、電子與信息工程學院、海洋與生化工程學院、馬克思主義學院等8個二級學院，全日制本科在校生6200多人。
學校堅持引進與培養相結合、專職與兼職相結合，著力打造“雙師型”教師隊伍。現有專任教師360多人，高級職稱人員占50%，具有碩士以上學位教師占88%。博士生導師1人，碩士生導師41人。國家“萬人計劃”領軍人才2人，“百千萬人才工程”國家級人選1人。
學校主動對接“壹帶壹路”，成立了海外華裔青少年聯誼中心，與新西蘭、印尼、南非、泰國以及臺灣等10多個國（境）外高校及研究機構建立了合作關系，並與臺灣高校開展博士聯培項目。
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