1、不同的成立時間
廣州海關成立於1950年1月31日。其前身可追溯到1685年清政府設立的廣東海關，總部設在廣州。
黃埔海關成立於1981年。
2、不同的地址
廣州海關的地址為廣州市天河區花城大道83號；黃埔海關的地址為廣州經濟技術開發區保金路36號。
3、不同的管轄區
廣州海關管轄範圍包括廣州（黃埔區、增城區除外）和深圳市佛山、肇慶、韶關、清遠、雲浮、河源、大山島以上七個行政城市，占廣東省行政區域的50%左右。
黃埔海關的管轄範圍主要集中在廣州市黃埔區、蘿崗區和天河區、增城市和東莞市的部分地區。
法律依據
第二條 中華人民***和國海關是國家的進出關境（以下簡稱進出境）監督管理機關。海關依照本法和其他有關法律、行政法規，監管進出境的運輸工具、貨物、行李物品、郵遞物品和其他物品（以下簡稱進出境運輸工具、貨物、物品），征收關稅和其他稅、費，查緝走私，並編制海關統計和辦理其他海關業務。
第三條 國務院設立海關總署，統壹管理全國海關。
國家在對外開放的口岸和海關監管業務集中的地點設立海關。海關的隸屬關系，不受行政區劃的限制。
海關依法獨立行使職權，向海關總署負責。
第四條 國家在海關總署設立專門偵查走私犯罪的公安機構，配備專職緝私警察，負責對其管轄的走私犯罪案件的偵查、拘留、執行逮捕、預審。
海關偵查走私犯罪公安機構履行偵查、拘留、執行逮捕、預審職責，應當按照《中華人民***和國刑事訴訟法》的規定辦理。
海關偵查走私犯罪公安機構根據國家有關規定，可以設立分支機構。各分支機構辦理其管轄的走私犯罪案件，應當依法向有管轄權的人民檢察院移送起訴。
地方各級公安機關應當配合海關偵查走私犯罪公安機構依法履行職責。
第五條 國家實行聯合緝私、統壹處理、綜合治理的緝私體制。海關負責組織、協調、管理查緝走私工作。有關規定由國務院另行制定。
各有關行政執法部門查獲的走私案件，應當給予行政處罰的，移送海關依法處理；涉嫌犯罪的，應當移送海關偵查走私犯罪公安機構、地方公安機關依據案件管轄分工和法定程序辦理。
第六條 海關可以行使下列權力：
（壹）檢查進出境運輸工具，查驗進出境貨物、物品；對違反本法或者其他有關法律、行政法規的，可以扣留。
（二）查閱進出境人員的證件；查問違反本法或者其他有關法律、行政法規的嫌疑人，調查其違法行為。
（三）查閱、復制與進出境運輸工具、貨物、物品有關的合同、發票、帳冊、單據、記錄、文件、業務函電、錄音錄像制品和其他資料；對其中與違反本法或者其他有關法律、行政法規的進出境運輸工具、貨物、物品有牽連的，可以扣留。
（四）在海關監管區和海關附近沿海沿邊規定地區，檢查有走私嫌疑的運輸工具和有藏匿走私貨物、物品嫌疑的場所，檢查走私嫌疑人的身體；對有走私嫌疑的運輸工具、貨物、物品和走私犯罪嫌疑人，經直屬海關關長或者其授權的隸屬海關關長批準，可以扣留；對走私犯罪嫌疑人，扣留時間不超過二十四小時，在特殊情況下可以延長至四十八小時。
在海關監管區和海關附近沿海沿邊規定地區以外，海關在調查走私案件時，對有走私嫌疑的運輸工具和除公民住處以外的有藏匿走私貨物、物品嫌疑的場所，經直屬海關關長或者其授權的隸屬海關關長批準，可以進行檢查，有關當事人應當到場；當事人未到場的，在有見證人在場的情況下，可以徑行檢查；對其中有證據證明有走私嫌疑的運輸工具、貨物、物品，可以扣留。
海關附近沿海沿邊規定地區的範圍，由海關總署和國務院公安部門會同有關省級人民政府確定。
（五）在調查走私案件時，經直屬海關關長或者其授權的隸屬海關關長批準，可以查詢案件涉嫌單位和涉嫌人員在金融機構、郵政企業的存款、匯款。
（六）進出境運輸工具或者個人違抗海關監管逃逸的，海關可以連續追至海關監管區和海關附近沿海沿邊規定地區以外，將其帶回處理。
（七）海關為履行職責，可以配備武器。海關工作人員佩帶和使用武器的規則，由海關總署會同國務院公安部門制定，報國務院批準。
（八）法律、行政法規規定由海關行使的其他權力。
第七條 各地方、各部門應當支持海關依法行使職權，不得非法幹預海關的執法活動。