西西裏王國的未來年幼的統治者，腓特烈，在1197年的即位，強烈的影響了西西裏的近未來，對於壹塊如此慣於接受皇室集權的土地，國王的年幼導致嚴重的權力中空，他的叔叔菲利普為了保護腓特烈的繼承權，在1198年指定安科納的侯爵馬克爾德·馮·安維勒為攝政，同時，教皇重申了教庭在西西裏的權限，但承認腓特烈對之的繼承權，教皇往後10年將看著教庭在西西裏的勢力不斷萎縮，並在許多時刻難以決定支持對象。
不過霍亨斯陶芬家族對權力的掌控仍未穩固，布裏安的沃特三世與坦克雷德的女兒結婚並在1201年來到南方索取此王國。在1202年，西西裏大臣波利維亞的沃特和艾瑟勒伯爵迪波特率領的壹只軍隊被沃特擊敗，馬克爾德戰死，腓特烈落入了比薩人的盟友卡培隆的威廉的控制下，迪波特在這之後繼續與沃特在大陸上爭戰，直到對方在1205年死亡。迪波特在1206年終於從威廉手中奪回腓特烈，並將監護權交給大臣沃特，沃特和迪波特不久後鬧翻，後者占領了王宮並被圍於此，最終在1207年被沃特俘虜。經過了十年，爭奪攝政和王位的戰爭終於結束。
腓特烈在他祖父羅傑的阿裏亞諾法條的基礎上進行改革，並在1231年頒布麥爾菲憲法，壹套對那個時代而言極為傑出的法律並在往後很久起到啟示作用，此套法律使西西裏王國成為君主專政王朝，是歐洲第壹個由封建制度轉為中央集權的國家。相對未經過大修改，麥爾菲憲法此後壹直是西西裏法律的基礎至1819年。
腓特烈二世在西西裏的繼承人是他的庶子曼菲爾德，霍亨斯陶芬的其他後裔在德國忙碌時他統治了西西裏15年，霍亨斯陶芬家族對西西裏的統治最後因1266年安茹人入侵和最後壹位男性繼承人康拉丁的死亡而告終。 霍亨斯陶芬家族和教庭之間的沖突在1266年導至安茹公爵查理壹世對西西裏的入侵。在1282年，對法國官員與稅制的不滿引發了西西裏晚禱暴動並至使亞拉岡的彼得三世的成功入侵，結果導致的西西裏晚禱戰爭持續到科特伯勒特和約在1302年的簽訂才停止。
和約將老西西裏王國壹分為二，西西裏島，被稱為“超過燈塔的西西裏王國”（Kingdom of Sicily beyond the Lighthouse）或稱特奈科裏亞王國（Trinacria），歸腓特烈三世所有並已在他統治下，半島的那壹塊領土，當時稱西西裏王國但被現代學者稱為拿波裏王國，歸查理二世所有並也已在他統治下，因而此和約是對不穩定“現狀”的正式承認。
西西裏島在1409年以前由阿拉貢王的親屬作為獨立王國統治，然後被並入阿拉貢帝國，拿波裏王國則由安茹人統治直到Alfonso V of Aragon|阿拉貢的阿方索五世在1443年2月26日攻陷拿波裏，將兩王位強行合壹，不過阿方索死後又將它們分割，將拿波裏傳給兒子拿波裏的費迪南壹世，阿拉貢和西西裏島則傳給弟弟亞拉岡的約翰二世。在1494年至1503年間，安茹人後裔的法國國王查理八世和路易十二世接連入侵試圖征服拿波裏，但以失敗告終（參見意大利戰爭）。
西西裏國王的頭銜由阿拉貢國王持有至1516年，接著是西班牙國王持有至1707年，神聖羅馬皇帝在1707年至1735年間持有王位，直到帕爾馬公爵查理入侵拿波裏並成為拿波裏和西西裏的查理七世，他的後裔壹直統治兩地直到1861年的意大利統壹。1816年至1861年間兩王國被統壹在兩西西裏王國名下。
在1530年，為了避免奧斯曼帝國從南方入侵羅馬，神聖羅馬皇帝查理五世，同時也是阿拉貢查理五世，將馬耳他島和戈佐島永久封與醫院騎士團，做為年費每年收取壹只馬耳他獵鷹，在萬靈節時交與西西裏總督。馬耳他群島自1127年起就是西西裏公爵領和其後的西西裏王國的壹部分，兩者間的封建關系在騎士統治時期形式上仍存在，直到他們在1798年被拿破侖逐出馬耳他。