WDL最初是由Broad Institute為基因組分析管道開發的。語法簡單，易於表達，能很好的描述流程 ；且跨平臺。 GATK首選的pipeline解決方案：WDL + cromwell ****。
目前，Cromwell是唯壹支持WDL的全功能執行引擎。cromwell 是壹個面向科學工作流程的工作流管理系統，基於BSD 3-Clause license證書的開源軟件，支持在三種平臺上運行WDL: 本地機器 、 通過作業調度器 (GridEngine，例如PBS , Slurm )訪問的本地集群 和 **雲平臺 **(例如谷歌雲或Amazon AWS） 。
cromwell是以美國演員 James Cromwell的名字命名的，他是《寶貝》和《星際迷航:第壹次接觸》等偉大電影的明星，因此它的吉祥物是“變形豬傑米”。
使用WDL 可以不用考慮計算環境問題，本地集群和公有雲上運行完全相同的腳本。
WDL 腳本核心結構包括 5 個基本組件：workflow, task, call, command 以及 output。
workflow 即是描述整個流程的框架，其中調用（ call ）了不同的 task 。
task 包含“做某事”所必需的所有信息，這些信息圍繞著壹個command，該命令帶有輸入文件和參數的定義，以及output 信息 。
**例如： bwa 比對流程， 使用 WDL編碼 **
輸入是reference（ 參考序列 ），read1 和 read2 。
output是 bam文件和bam索引文件 。
command 是
頂層文件是 workflow， 裏邊call 這個task
弄清楚了流程的內容，我們來壹起完成流程的編碼
** bwa.wdl task內容**
**mapping.workflow.wdl workflow內容 **
使用womtool 語法校驗
使用womtool 生成 inputs.json ， 將輸入文件和字符串補充完整
使用cromwell 運行流程
WDL 可以使我們的流程組裝更加方便 。
* 基因組分析*****公眾號推出 《50篇文章深入理解NGS》系列文章， 第二篇文章 《五分鐘入門WDL語言》，爭取每周更新壹篇高質量生信幹貨帖子。
關註 "基因組分析" 公眾號，了解最新最全生信分析知識。