馬達加斯加原分為6個自治省（塔那那利佛省、安齊拉納納省、菲亞納蘭楚阿省、馬哈贊加省、圖阿馬西納省、圖利亞拉省），111縣，1000多個區，1萬多社區。
根據2007年憲法公投，從2009年起馬達加斯加廢除原有的六個省，重新劃分為22個區，119個縣、1579個公社和17485個社區。22個區分別為：
阿那拉芒加區，首府塔那那利佛；
第亞那區，首府安齊拉納納；
上馬齊亞特拉區，首府菲亞納蘭楚阿；
博愛尼區，首府馬哈贊加；
阿齊那那那區，首府圖阿馬西納；
阿齊莫-安德列發那區，首府圖利亞拉；
薩瓦區，首府桑巴瓦；
伊達西區，首府米亞裏納裏武；
法基南卡拉塔區，首府安齊拉貝；
邦古拉法區，首府齊魯阿努曼迪迪；
索非亞區，首府安楚希希；
貝齊博卡區，首府馬埃瓦塔納納；
梅拉基區，首府邁因蒂拉努；
阿拉奧特拉-曼古羅區，首府安巴通德拉紮卡；
阿那拉蘭基羅富區，首府費努阿裏武-阿齊納納納；
阿莫羅尼馬尼亞區，首府安布西特拉；
法土法韋-非圖韋那尼區，首府馬納卡拉；
阿齊莫-阿齊那那那區，首府法拉凡加納；
伊霍羅貝區，首府伊胡西；
美那貝區，首府穆龍達瓦；
安德羅伊區，首府安布文貝；
阿諾西區，首府陶拉納魯。 馬達加斯加地形獨特，各地氣候差異較大。東部屬於熱帶雨林氣候，終年濕熱，年降水量達2000-3800毫米，年平均氣溫約24℃；中部高原屬於熱帶高原氣候，氣候溫和，年降水量為1000-2000毫米，年平均氣溫約18℃；西部處在背風壹側，降水較少，屬於熱帶草原氣候，年降水量為600-1000毫米，年平均氣溫約26.6℃；南部地區屬於半幹旱氣候，年降水量低於600毫米，年平均氣溫約25.4℃。受季風的影響，全島4-10月為旱季，11月-次年3月為雨季。首都塔那那利佛海拔約1,200米，年平均氣溫18°C。