秘密使者講述了國***兩黨圍繞渡江戰役中江防要塞的爭奪展開的壹系列明爭暗鬥，圍繞這壹主題，劇中處於不同立場的主人公們，為了維護自己的信仰，鬥智鬥勇，上演了壹幕幕驚心動魄的間諜戰。
劇中，國***和談陷入僵局，大戰壹觸即發，中***中央將總攻時間定為1949年4月22日，總前委向全軍發出了渡江戰役動員令。華野敵工部向於明輝發出指示：隨時掌握江防動態，盡可能策反江陰要塞官兵，在戰役中不向我軍開炮，並爭取能掉轉炮口，掩護我軍渡江。
於明輝領受任務後，加緊了對康大光、炮臺臺長段振國、守備大隊長嚴虎的策反工作，就在這時，他壹直擔心的事情發生了。
羅美慧回到江南後，向毛人鳳做了詳盡報告，並提出拘捕審查韓露的要求。在大戰壹觸即發的緊要關頭，毛人鳳決不允許***諜組織在江防核心地帶活動，對長江防線形成滲透威脅，立即便批準了羅美慧的計劃。
羅美慧通過譚明輝之手密捕了韓露，即刻對韓進行審訊。韓露堅貞不屈，在審訊中大罵羅美慧是挾私報復，言稱要去李代總統那兒申冤告狀。
韓露的被捕讓於明輝痛苦不已，幾乎亂了方寸。邱曼麗的步步緊逼，王松山的形影不離，羅美慧的明敲暗打使他時時處處都處於威脅之中。壹場大戰前的生死較量在陰雲霧霾的長江南岸進入了高潮。