根據中心法則逆推以確定目的基因的堿基序列：預期蛋白質功能→設計預期的蛋白質結構→推測應有氨基酸序列→找到對應的脫氧核苷酸序列（基因）；最終還是回到基因工程上來解決蛋白質的合成。
蛋白質工程匯集了當代分子生物學等學科的壹些前沿領域的最新成就，它把核酸與蛋白質結合、蛋白質空間結構與生物功能結合起來進行研究。蛋白質工程將蛋白質與酶的研究推進到嶄新的階段，為蛋白質和酶在工業、農業和醫藥方面的應用開拓了誘人的前景。蛋白質工程開創了按照人類意願改造、創造符合人類需要的蛋白質的新時代。蛋白質工程取得的進展向人們展示出了誘人的前景。