茱萸大概有四種，分別為：山茱萸科的山茱萸；山茱萸科的草茱萸；蕓香科的吳茱萸；蕓香科的食茱萸。他們之間的區別是，蕓香科的茱萸有特殊香味，但是蕓香科的食茱萸有刺，不太可能用來佩戴，食茱萸主要是以前人們用來作為調料用品的，古稱“藙”，又有“欓子”、“越椒”等別名。吳茱萸有香氣，可以用來佩戴。山茱萸科的兩種，草茱萸屬於草本，根莖較軟，也不太適合佩戴，因此只有山茱萸可以佩戴。吳茱萸雖然有香氣，但是果實顏色略暗，是密集型的圓錐形果實，山茱萸沒有香氣，但是蒴果晶瑩剔透，非常美觀。
大多數人知道古代重陽節佩戴茱萸，都是由唐代著名詩人王維的七言絕句所知，他的《九月九日憶山東兄弟》：“獨在異鄉為異客，每逢佳節倍思親。遙知兄弟登高處，遍插茱萸少壹人。”裏面提到了“佳節”、“登高”、“插茱萸”、“團聚”。這裏茱萸的習俗應該是“插”這個動作。西晉的周處的《風土記》記載：“九月九日折茱萸以插頭上，辟除惡氣而禦初寒。”也是“插”。
在更早的晉代葛洪著的《西京雜記》第三卷裏面，就提到了漢朝初“九月九日，佩茱萸，食蓬餌，飲菊花酒，雲令人長壽。”。這裏面我們看出，茱萸用法是“佩”。南朝梁吳均《續齊諧記》記載的故事說人們把茱萸放在壹個彩色袋子裏，佩戴在胳膊上，這裏也是“佩戴”。
以上兩種說明重陽節茱萸的用法有兩種，都是用來辟邪氣的，只不過，因為茱萸的紅色果實，帶樹枝的話就好像古代人們用的簪子，可以插在頭發上美觀。如果從美觀出發，似乎山茱萸更勝壹籌。
關於三國曹植《浮萍篇》“茱萸自有芳，不若桂與蘭”，南朝江總的《宛轉歌》裏也有：“菤葹摘心心不盡，茱萸折葉葉更芳。”，只能說明他們所指的茱萸應該是蕓香科的吳茱萸或者草茱萸，但是並不能和重陽節習俗聯系起來。
從植物分布來看，山茱萸分布在黃河流域為多，蕓香科吳茱萸主要是以南方為主。王維是山西蒲州人，他所寫的“山東兄弟”是指的華山以東，也就是自己家鄉的兄弟，而山西晉南壹帶只有山茱萸分布，幾乎沒有吳茱萸，因此竊以為王維所說的“遍插茱萸”應該指的是山茱萸。
重陽節插茱萸是漢族地區大多數人的習俗，因此，不可能都是山茱萸，再加上在關於山茱萸和吳茱萸之分，現在版本《神農本草經》就有區別，此書成於東漢，經口口相傳，原書在宋代以後已亡佚，因此現在版本並不能肯定就是當時原著。再加上有人發現宋代類書《太平禦覽》在引用該書對吳茱萸的介紹時沒有“吳”字，懷疑原書恐怕只是管這味