中環皇後碼頭的命運至今未明，前房屋及規劃地政局局長孫明揚表示，政府已跟專業團體取得***識，找到保留中環皇後碼頭的最好方案，就是臨時遷走碼頭，待填海工程完成後，再在原址附近重置。
2007年5月，規劃署發表中環新海濱城市設計研究的第壹階段公眾參與活動，提出4個重置皇後碼頭的方案。同月，古物古跡咨詢委員會將皇後碼頭列為香港壹級歷史建築，可能影響重置計劃。但後來立法會財經事務委員會在2007年6月15日表決同意撥款遷拆皇後碼頭。
2008年4月，規劃署發表中環新海濱城市設計研究的第二階段公眾參與活動，提出兩個重置皇後碼頭的方案：
將皇後碼頭重置於九號及十號碼頭之間，恢復其海事功能
將皇後碼頭重置於原址，保持與大會堂的關系，但喪失其海事功能
2008年5月8日，香港特別行政區政府表示皇後碼頭的組件正安放在香港大嶼山狗虱灣政府爆炸品倉庫。香港特別行政區政府計劃興建室內臨時倉庫，內設溫度及濕度調節，妥善安置皇後碼頭的組件尤其頂蓋部份，待皇後碼頭正式重置於中環地區時能盡量保持原貌，只是皇後碼頭在中環九號碼頭與十號碼頭中間位置重置時可能要拆去兩側的樓梯，以免影響中環九號碼頭與十號碼頭的運作。