洞頭縣轄4個街道、1個鎮、1個鄉， 6個社區、3個居民區、84個行政村。
洞頭縣侵蝕丘陵地貌分布廣泛，約占全縣陸地面積的91%。其中高丘陵（海拔250m以上）主要分布於大門島以及鹿西、霓嶼、狀元嶴等島的中部和洞頭島的西部，山坡較陡，壹般30～40°，特別是邊緣地帶，常有大於40°的陡坡或陡崖出現；頂部較平緩，坡度壹般15～25°。最高山峰煙墩山位於大門島，海拔高391.8m。高丘陵以凸型坡及直線型坡為主，部分地段為復合型坡。低丘陵（海拔<250m）主要分布於洞頭島、半屏島、三盤島、小門島以及鹿西、霓嶼、狀元嶴等島的邊角部位，山頂部較平緩，為10～25°，山坡坡度25～35°，局部坡麓地帶有超過35°的陡坡及陡崖。低丘陵的山坡地形以凸型坡和直線型坡為主，局部為階梯狀復合型坡。
堆積地貌主要分布於大門、洞頭兩島，面積小，分布零星。其中洪積平原零星分布於大島嶼的溝谷及山麓地帶，上遊坡度10～15°，下遊坡度3～10°。海積平原主要分布於洞頭島、大門島及小門島，在霓嶼島及半屏島亦有小塊分布，地勢平坦。