1. 派駐機構不同：駐藏大臣是中國清代中央政府定制式派駐西藏並參與西藏和清朝中央交流的駐紮大臣，而噶廈是清代到新中國初期西藏地方官署名，即原西藏地方政府。
2. 職責不同：駐藏大臣是清朝中央政府在西藏的代表，參與西藏和清朝中央的交流，而噶廈是西藏地方政府的行政機構，負責西藏地方的行政事務。
3. 級別不同：駐藏大臣的級別比噶廈高，駐藏大臣初期稱為欽差駐藏辦事大臣，簡稱西藏辦事大臣，後來職權提高而全稱為欽命總理西藏事務大臣，噶廈是攝政以下的行政機構，相當於內閣。
以上就是駐藏大臣和噶廈的區別，希望對您有所幫助。