馬懷德出版的個人專著、主編教材，與人合著達40余部。在《中國法學》、《法學研究》、《政法論壇》、《中外法學》等刊物發表學術論文百余篇，科研成果達200萬字。曾承擔主持多項國家省部級課題。並多次獲得國家、省部及學校獎勵。
1、《國家賠償法的理論與實務》（獨著），中國法制出版社1994年版
2、《行政許可》（獨著），中國政法大學出版社1994年版
3、《行政法制度建構與判例研究》（獨著），中國政法大學出版社2000年版
4、《中國立法體制、程序與監督》（主編），中國法制出版社1999年版
5、《國家賠償法學》（主編），中國政法大學出版社2001年版
6、《行政訴訟原理》（主編），法律出版社2003年版
7、《應急反應的法學思考》（主編），中國政法大學出版社2004年出版
8、《司法改革與行政訴訟制度的完善》（主編），中國政法大學出版社2004年版
9、《行政訴訟法學》（主編），北京大學出版社2004年版
10、《行政程序立法研究》（主編），法律出版社2005年版