兩者不同的原因在於關註的重點不同，系統仿真以分析對象作為目的，三維動畫以表現對象為目的。
定義對比：所謂系統仿真，就是根據系統分析的目的，在分析系統各要素性質及其相互關系的基礎上，建立能描述系統結構或行為過程的、且具有壹定邏輯關系或數量關系的仿真模型，據此進行試驗或定量分析，以獲得正確決策所需的各種信息。三維動畫在計算機中首先建立壹個虛擬的世界，設計師在這個虛擬的三維世界中根據要表現的對象的形狀尺寸建立模型以及場景，再根據要求設定模型的運動軌跡、虛擬攝影機的運動和其它動面參數，最後按要求為模型賦上特定的材質，並打上燈光。