歷史上的秦檜是病死的，秦檜死於紹興二十五年（1155），病死在家中。
在紹興二十五年，秦檜病重，他也知道自己即將死去，於是想趕快扶持自己的兒子秦熺上位。 秦熺憑著秦檜的勢力，先是中榜眼，再壹路高升至樞密院事，其地位僅在秦檜之下。
在同年十月時，高宗親自去秦府探望秦檜，在病榻旁的秦熺卻迫不及待地問道，在他死後，宰相之位將由誰代理。高宗只是冷冷地回答道：“這不是妳應該操心的事。”秦檜也知道自己的如意算盤是沒法實現了，第二天，秦檜、秦熺、秦塤以及秦堪都被免官了。秦檜在當天夜裏，就去世了。
秦檜遺臭萬年
李綱、趙鼎、胡銓、李光，被稱為“南宋四名臣”，無壹不是因力主抗金留下美名，但也無壹不是因此與秦檜交惡，或死或貶。
元代時，人們在秦檜墓前便溺以快意，謂“遺臭冢”，有詩曰“太師墳上土，遺臭遍天涯。”明代時，人於嶽飛墓前種檜樹，壹劈為二，名曰“分屍檜”。清朝秦澗泉到西湖嶽飛墓前，自稱“人從宋後少名檜，我到墳前愧姓秦。”又有壹地演戲，忽壹人上臺將演秦檜者刺死。可見秦檜名聲之臭。