耀縣藥王廟位於陜西省耀縣東部的藥王山，是為紀念我國隋唐時期著名的醫學家孫思邈而特別建造的。藥王山也叫五臺山，平均海拔在1000米左右，是孫思邈後來的隱居之地，明朝時期修建的藥王大殿就坐落在五臺山的顯化臺上。
傳說在唐太宗時期，長孫皇後得了壹種怪病，明明早已經懷胎十月，卻遲遲無法分娩，反而身染了重癥，臥病在床，盡管太醫院的太醫們極力救治，病情卻壹直都沒有好轉。為此，唐太宗每天都郁郁寡歡，坐臥不寧。
大臣徐茂公見太宗這個樣子，就將孫思邈推薦給了太宗，說：“臣早就聽說華原縣的民醫孫思邈經常采藥為百姓治病，尤其擅長婦兒科。凡是疑難雜癥，只要壹經他手，都能藥到病除，為什麽不將他請進宮來試壹試呢？”
唐太宗聽後，覺得有理，便派人晝夜馬不停蹄地奔向華原縣，將孫思邈請進了皇宮。
但是，在我國古代社會中，講求“男女授受不親”，在這種禮教的束縛下，男醫生是不能直接給婦女看病的，尤其是在宮中，醫生只能根據口述來開藥方。
於是，孫思邈叫來了服侍在皇後身邊的宮女，首先進行了仔細的詢問，接著要來了太醫們之前所開的處方進行研讀，了解了長孫皇後的病情後，他拿出壹條紅線，吩咐宮女把線系在皇後的右手腕上，另壹端從竹簾中拉出來，孫思邈拿捏著線開始為皇後診脈。
很快，孫思邈就放下手中的紅線，對太宗說：“啟稟萬歲，民醫已經對長孫皇後的病進行了診脈，長孫皇後胎位不順，在民間這種病叫做小兒扳心，故而皇後十月不產，身患重病。”
聽了孫思邈的話，唐太宗是半信半疑，問道:“既然如此，打算如何進行治療呢？”孫思邈答道：“皇上只需讓宮女將皇後的手扶出珠簾，民醫在中指上紮壹針就可以了。”
果不其然，孫思邈在看準穴位紮了壹針後，皇後立馬感覺壹陣疼痛，渾身顫抖，很快，壹陣嬰兒的啼哭聲就傳了出來，宮女欣喜地叫著：“娘娘生了，母子平安！”
唐太宗聽了大喜，對孫思邈說道：“真是華佗現世啊，不愧為當代名醫，朕有心留妳執掌太醫院，不知妳意下如何？”
孫思邈聽了，婉言拒絕了唐太宗的好意，因為他還要雲遊四方，撰寫《千金方》濟世救人呢！太宗不好強求，就賜給他“沖天冠”、“赫黃袍”、金牌、良馬和千兩黃金。
但孫思邈再壹次拒絕了，唐太宗深為孫思邈的情操和風貌感動，就封孫思邈為藥王。在藥王山的南庵內完整地保存著太宗禦道、“拜真臺”、“唐太宗賜真人頌”等古碑。