壹艘機器人統治者的母艦駛入地球軌道，並對駐紮在紀念碑市附近的地球防衛軍發動了壹次試探性襲擊。襲擊被擊退了，但母艦仍停留在地球軌道。
面對敵對行為，南十字軍（由全球聯合武裝的精銳部隊組成）準備反擊。向公眾宣布敵人的詳細情況，政府和軍隊開始準備戰鬥。 機器人統治者派遣壹支秘密探險隊挖掘太空堡壘I號(SDF-1)的遺址，被兩名正在巡邏的全球聯合武裝的戰士發現。其中壹名士兵被俘，關押在機器人統治者的指揮艦裏。
壹場未經允許的擅自行動，成功救出被俘士兵。戰鬥隨著雙方增援的來到而很快陷入僵持的局面，直到壹艘母艦出現，生化戰士和指揮艦在母艦掩護下撤離戰場。 機器人統治者突襲並消滅了壹個全球聯合武裝的基地，打破了雙方未宣布的暫時停火。二十多名幸存者被俘虜，引起公眾騷亂爆發。
迫於政府首腦的壓力，安那托利·倫納德上將（南十字軍最高指揮官）無視參謀會議的勸告，命令立即進行報復性攻擊。但對機器人統治者母艦的襲擊以徹底失敗而告終。
開始對機器人統治者技術進行研究。地球的科學家們斷定生化飛行員是人類而非原先假設的微縮化的天頂星人，但這些信息被列為最高機密。
機器人統治者母艦的弱點被發現，15小隊空降到旗艦上攻擊此弱點。襲擊成功，外星母艦墜落在紀念碑市目所能及的地面上。
由戴納·斯特林中尉率領的第15小隊成功地潛入墜落的旗艦。搜集了大量有價值的情報，包括擒獲壹個生化機器人。 對被俘的生化人的分析，揭示了許多關於機器人統治者的機甲和克隆機器人使用的信息。
在墜落的旗艦周圍進行不間斷的巡邏偵察。總參謀部對於機器人統治者和他們的來地球的真實目的爭論不斷。
機器人統治者襲擊紀念碑市的平民，200多平民被俘。 為了獲得更多關於地球上人類的信息，機器人統治者決定向人類社會安插壹名間諜——佐爾·普萊姆，他們最具有價值的克隆人之壹。機器人統治者重新奪回了墜落在地球上的母艦，在這場戰鬥中機器人統治者故意讓佐爾被俘。
全球憲兵隊俘獲受傷的佐爾·普萊姆。在南十字軍總參謀長羅爾夫·愛默生將軍的幫助下，他被關押在壹個安全場所，進行醫學觀察。
壹艘來自遙遠太空的先鋒遠征行動的戰艦趕回地球，在撞毀壹艘機器人統治者母艦時被摧毀。倫納德將軍和愛默生被告知他們無法從太空堡壘遠征軍獲得任何幫助。 在愛默生將軍的指示下，佐爾·普萊姆被安排進了壹個太空堡壘防衛軍小隊，旨在希望軍隊環境能喚醒他作為生化人飛行員的記憶。而之所以選擇戴納·斯特林中尉的15小隊，是因為戴納的天頂星血統以及過去她和佐爾在戰場上相遇過。
佐爾·普萊姆無意中聽到愛默生將軍談論地球艦隊正在準備發起進攻，而機器人統治者也立刻截聽到了這個情報。這是因為他們在佐爾的腦中安裝了傳感器，以此來控制他並收集關於人類戰鬥計劃的情報。 地球艦隊在太空中向機器人統治者發起第壹次全面進攻。機器人統治者借助植入佐爾·普萊姆大腦中的傳感器，對進攻的時機和規模了如指掌，這次進攻失敗得迅速而徹底，少數幸存下來的大型戰艦撤退至阿路司-1號月球基地。
佐爾開始回憶起機器人統治者三位壹體的本性。而在太空戰鬥中觀察到的情況則證實了他的回憶。戴納·斯特林和佐爾·普萊姆在太空堡壘I號遺址中發現了外星花株的存在。
最高指揮官倫納德下令第二輪攻擊部隊會合前壹輪的殘部，向機器人統治者發起聯合進攻。 機器人統治者根據從毫不知情的間諜——佐爾·普萊姆那裏獲得的情報，偷襲了援救阿路司-1基地的第壹騎士團艦隊。盡管處於劣勢，但第壹輪進攻艦隊和第壹騎士團成功地進行了反擊，迫使機器人統治者撤退，第壹騎士團和第壹輪進攻的殘部壹起安全撤回地球。
羅爾夫·愛默生將軍被委任為對抗機器人統治者的第二輪進攻的總指揮。 在從超太空返航的遠征軍部隊增援下，愛默生將軍指揮的第二輪進攻部隊向機器人統治者艦隊發起了壹波聯合進攻，使得第15戰術裝甲小隊成功突入泰洛母艦。機器人統治者再次加強了他們對佐爾·普萊姆的控制，並俘虜了突入的地球部隊。在愛慕第15小隊戰士鮑伊·格蘭特的泰洛樂師繆西卡的協助下，戴納·斯特林和她的小隊成功脫逃並救出佐爾，在此過程中還摧毀了機器人統治者的壹艘泰洛母艦。交戰雙方被迫撤退，最終決戰的時刻迫近了。
機器人統治者的處境已經變得絕望。由於他們的史前能量容器受到盛開的生命之花汙染，泰洛克隆人變得越來越難以控制和不可靠。種種跡象表明，他們的宿敵因維人即將到來。機器人統治者決心找回他們的史前能量母體，而它正隱藏在佐爾戰鬥堡壘（現在的SDF-1殘骸）的深處。
逃亡地球的繆西卡和鮑伊壹起受到南十字軍憲兵部隊的追緝。在此過程中，意誌日漸消沈的佐爾·普萊姆和第15小隊的其他成員發生了激烈矛盾。他們進入SDF-1殘骸的深處，佐爾·普萊姆在那裏受到刺激，恢復了原始佐爾（機器人技術創始者）所留下的記憶。佐爾·普萊姆決心徹底毀滅機器人統治者和史前能量母體。
不顧機器人統治者要求人類撤離地球的最後通牒，南十字軍最高指揮官倫納德下令集合所有部隊發動最後攻勢。雙方損失慘重，愛默生將軍和倫納德將軍在行動中先後身亡。不惜壹切代價，機器人統治者向他們的目標——SDF-1殘骸推進。
在戴納·斯特林和她的第15小隊協助下，佐爾搶在機器人統治者恢復史前能量之前成功復仇，擊斃了機器人統治者的三首領。在確認戴納和她的小隊戰友們平安返回地球後，佐爾自爆泰洛旗艦，希望以此撞毀SDF-1殘骸中的史前能量母體。然而，佐爾最後的犧牲行為卻只是使得因維生命之花的孢子四處飄散，史前能量到處釋放。第二次宇宙大戰就這樣結束了。