相傳此處古代有5個仙洞，故名。明洪武年間（1368～1398），梅州彭氏壹支遷到這裏定居，形成今五雲彭氏。明、清時期，五雲洞作為陸豐縣吉康都轄下的基層組織，或以五雲洞為名，或簡作五雲村，民國時期，稱五雲鄉，為縣轄區的基層組織。1949年10月，五雲屬陸豐縣第八區，1951年屬陸豐十三區，1958年9月27日建立五雲人民公社，1965年五雲人民公社歸屬揭西縣。1983年五雲人民公社改稱五雲區。1986年，原五雲區劃分為五雲鎮、下砂鄉。1987年起，五雲鎮因受非法組織幹擾導致10年處於無政府狀態，連續三屆政府換屆工作無法進行，各項事業建設受阻，社會不穩定。1997年4月，省、市、縣基層建設工作團進駐五雲鎮，恢復基層黨組織，召開鎮黨代會、人代會，選舉產生新壹屆黨政班子。2003年12月30日，下砂鄉與五雲鎮合並，稱五雲鎮。雖然五雲洞已經演化為鎮壹級政區名稱並簡為五雲，但五雲洞仍成為遷居外地彭姓群眾的氏族聚居符號，我國臺灣省以及東南亞地區壹些彭姓鄉親仍稱自己的祖先來自廣東五雲洞。