基本原理：聚丙稀酰胺是由丙稀酰胺（acrylamide）和N,N-亞甲基雙丙稀酰胺（N,N’-methylenebisacrylamide）經***聚合而成。
此聚合過程是由四甲基乙二胺（tetramethylethylenediamine，TEMED）和過硫酸胺（ammoniumpersulfate，AP）激發的。
聚丙烯酰胺凝膠由丙烯酰胺(簡稱Acr)和交聯劑N，N’壹亞甲基雙丙烯酰胺(簡稱Bis)在催化劑過硫酸銨(AP)，N，N，N’，N’?四甲基乙二胺(TEMED)作用下，聚合交聯形成的具有網狀立體結構的凝膠，並以此為支持物進行電泳。
聚丙烯酰胺凝膠電泳可根據不同蛋白質分子所帶電荷的差異及分子大小的不同所產生的不同遷移率將蛋白質分離成若幹條區帶，如果分離純化的樣品中只含有同壹種蛋白質，蛋白質樣品電泳後，就應只分離出壹條區帶。
SDS為壹種陰離子表面活性劑能打斷蛋白質的氫鍵和疏水鍵，並按壹定的比例和蛋白質分子結合形成密度相同的短棒狀復合物，不同分子量的蛋白質形成的復合物的長度不同，其長度與蛋白質分子量呈正相關，使蛋白質帶負電荷的量遠遠超過其本身原有的電荷，掩蓋了各種蛋白分子間天然的電荷差異。