種子萌發過程壹般可分為吸脹、萌動和發芽三個階段：
（1）吸脹。經風幹或幹燥處理的種子含水量壹般在10%以下，種子內各種組織均呈皺縮狀，細胞內含物具有較強的粘滯性。當種子吸水後水分進入種子，細胞內已縮小的液泡體積增大，細胞也隨之脹大。
種子吸水過程壹般可以分成3個階段。第壹階段為急劇吸水階段，這壹階段的特點是相對時間短，但吸水速度快。第二階段為緩慢吸水階段，這壹階段相對時間長，吸水速度逐漸緩慢下來，直到達到飽和狀態。第三個階段是胚根露出後出現另壹個迅速吸水的代謝過程。
第壹、第二階段的種子吸水僅是壹種物理現象，而不是生理作用。壞死的種子對水份仍有吸收力，仍能產生吸脹。反過來說，即使是活的種子，有時由於種皮不透水而不能吸脹，如豌豆的硬實種子。因而僅從第壹、第二兩個階段看，不能確定種子是否具有生命力，這兩個階段僅是萌發過程中的第壹步。只有具有生命力的種子，在完成前二個階段後，種子內部才能進行各種生理、生化活動，並導致胚的生長發育，才會出現吸水的第三階段。
種子吸脹能力的強弱決定於種子的化學成分。凡含蛋白質多的種子，吸脹能力壹般比含澱粉較多的種子強，如豆類種子的吸脹能力大大超過了禾谷類作物的種子。含油量較高的種子，吸水能力較弱。
（2）萌動。具有生命力的種子在充分吸脹後，細胞內充滿了水分，此時酶的活動加強，將種子內貯藏的營養物質轉化為可溶性的簡單物質供胚吸收，促使胚細胞迅速分裂伸長，當胚的體積增大到壹定大小，壹般胚根首先突破種皮，生產上稱為“露白”，這就是萌動。種子萌動後，其內部發生了極其復雜的生物化學變化。
（3）發芽。種子萌動後，胚的生長速度急劇加快，胚的體積迅速增大，待胚根、胚芽均突破種皮並長到壹定長度時，即可認為種子已發芽。至此，種子完成了萌發的全過程。