類在這裏生存繁衍，如保護區內的泉灣是國家壹級保護動物黑頸鶴的棲息、繁殖區，國家二級保護動物大天鵝的越冬地。青海湖國家級自然保護區及其周邊地區***有獸類15科41種，占全省獸類總數的四分之壹，其中包括分布於青海湖周邊沙地與草地生態交錯地帶的國家重點保護動物、世界瀕危物種-普氏原羚。另外，青海湖有魚類8種，其中，湖內盛產的湟魚(青海裸鯉)更是馳名中外的稀有品種。
青海湖國家級自然保護區地處青藏高原，具有高原大陸性氣候特征，氣候以幹燥寒冷多風為主，草原生態系統和高原湖泊生態系統結構簡單，生態系統脆弱，易遭破壞，但恢復尤其困難。近年來，由於自然環境變化和人為幹擾等原因，青海湖環湖地區生態環境急劇惡化，生態危機四伏。
由於全球氣候變化和人為原因，青海湖水位急劇下降，湖面萎縮，環湖地區草原退化、沙化日趨嚴重。據國家林業局第二次全國荒漠化監測情況統計，青海湖湖面面積每年約減少103.6hm2，水位平均每年下降13cm隨著水位下降，湖底不斷裸露，使壹些湖中島嶼成為半島，鳥類大量遷徙他處，數量逐年減少。另外，由於植被的破壞，環湖草地退化加劇，風助沙勢，沙化土地面積不斷增加。目前，青海湖周邊地區沙丘和風沙土地面積已達765km2，而且仍在以每年10．2km'的速度繼續擴大。湖區周邊植被呈由草原植被類型向荒漠化植被類型演變的趨勢。