1、原產地不同
伊麗莎白瓜原產日本。
哈密瓜主產於吐哈盆地，它形態各異，風味獨特，瓜肉肥厚，清脆爽口。哈密瓜營養豐富，含糖量最高達21%。哈密的甜瓜在東漢永平年間就成為進貢的異瓜種了。
2、營養價值不同
伊麗莎白瓜，含有多種人體所需的營養成分和有益物質，如大量的蔗糖、果糖、葡萄糖，豐富的維生素C，有機酸、氨基酸以及鈣、磷、鐵等礦物質 ，且具有特殊的誘人芳香，營養豐富。
哈密瓜的幹物質中，含有4.6%—15.8%的糖分，纖維素2.6%—6.7%， 還有蘋果酸、果膠物質、維生素A、B、C，尼克酸以及鈣、磷、鐵等元素。其中鐵的含量比雞肉多兩三倍，比牛奶高17倍。新疆人很愛食哈密瓜，認為多吃瓜可以祛病延年，這壹說法不無道理。
3、功效不同
伊麗莎白性平味甘，入胃、腎二經。伊麗莎白瓜被稱為瓜的皇後，非常養人，可以補充元氣，適合大病初愈之人食用。
哈密瓜品性質偏寒，還具有療饑、利便、益氣、清肺熱止咳的功效，適宜於腎病、胃病、咳嗽痰喘、貧血和便秘患者。
百度百科-伊麗莎白
百度百科-哈密瓜