十二生肖的起源與動物崇拜有關。據湖北雲夢睡虎地和甘肅天水放馬灘出土的秦簡可知，早在先秦時期即有比較完整的生肖系統存在。最早記載與今相同的十二生肖的傳世文獻是東漢王充的《論衡》。[1]
十二生肖是十二地支的形象化代表，即子（鼠）、醜（牛）、寅（虎）、卯（兔）、辰（龍）、巳（蛇）、午（馬）、未（羊）、申（猴）、酉（雞）、戌（狗）、亥（豬），隨著歷史的發展逐漸融合到相生相克的民間信仰觀念，表現在婚姻、人生、年運等，每壹種生肖都有豐富的傳說，並以此形成壹種觀念闡釋系統，成為民間文化中的形象哲學，如婚配上的屬相、廟會祈禱、本命年等。現代，更多人把生肖作為春節的吉祥物，成為娛樂文化活動的象征。
生肖作為悠久的民俗文化符號，古往今來留下了大量描繪生肖形象和象征意義的詩歌、春聯、繪畫、書畫和民間工藝作品。除中國外，世界多國在春節期間發行生肖郵票，以此來表達對中國新年的祝福。
1975 年12 月，湖北雲夢睡虎地發掘出兩批秦代竹簡，其中有關“盜者”的內容：[2]
“子，鼠也，盜者銳口，稀須，……醜，牛也，盜者大鼻長頸，……寅，虎也，盜者狀，希須 ，面有黑焉。卯，兔也，盜者大面頭。辰，盜者男子，青赤色……巳，蟲也 ，盜者長而黑蛇目。午，鹿也，盜者長頸小哘，其身不全。……未，馬也，盜者長須耳。申，環也，盜者圓面……酉，水也……戌，老羊也……亥，豕也。”[3]
上述與今天生肖次第基本相同，但辰未寫生肖；午對鹿；未對馬；戌對老羊。[2]
十二生肖雙喜圖
十二生肖雙喜圖
1986 年4 月，甘肅天水放馬灘秦代墓葬出土甲、乙兩種《日書》竹簡，年代與睡虎地秦簡相近。甲種竹簡也有盜者的記錄：[2]
子，鼠矣。醜，牛矣。寅，虎矣。卯，兔矣。辰，蟲矣。巳，雞矣。午，馬矣。未，羊矣。申，猴矣。酉，雞矣。戌，犬矣。亥，豕矣。[3]
該記錄生肖與地支的對應關系與現代相比，除“辰蟲巳雞”外，其余完全相同。[2]
《詩經·小雅》載“吉日庚午，即差我馬”，反映午馬相對。但學者指出，秦簡的午對應鹿而非馬，午馬不過是巧合。
最早完整記錄十二生肖且與今相同的是東漢王充的《論衡》。《論衡》卷三《物勢篇》：[2]
十二生肖李尤俊
十二生肖李尤俊
”寅木也，其禽虎也；戌土也，其禽犬也；醜未亦土也，醜禽牛，未禽羊也。木勝土，故犬與牛羊為虎所服也。亥水也，其禽豕也；巳火也，其禽蛇也；子亦水也，其禽鼠也；午亦火也，其禽馬也……午馬也，子鼠也，酉雞也，卯兔也。水勝火，鼠何不逐馬？金勝木，雞何不啄兔？ 亥豕也，未羊也，醜牛也。土勝水，牛羊何不殺豕？巳蛇也，申猴也。火勝金，蛇何不食獼猴？“
同書卷二三《言毒篇》則雲：
”辰為龍，巳為蛇，辰巳之位在東南。龍有毒，蛇有蜇，故蝮有利牙，龍有逆鱗。木生火，火為毒，故蒼龍之獸含火星。“
可見，最遲在東漢十二生肖已全部定型。[2] 清代梁章缸在《浪跡叢談·續談》也轉述《論衡》的記載。[2]
《北史·宇文護傳》記述後周宇文護的母親在齊的信：“ 昔在武川鎮生汝兄弟，大者屬鼠，次者屬兔，汝身屬蛇。”這是以生肖聯系出生年見於正史的較早記載。星宿說
十二生肖吳泰
十二生肖吳泰
古人將黃道與赤道附近的恒星分為“二十八星宿”。二十八宿也分別代表壹種動物。古代將周天等分十二分，用十二支表示，而十二支配屬生肖，生肖與二十八星宿存在對應關系。[5] 明代大學士王鏊認為，二十八種動物配屬二十八星宿，並“以七曜統之”，成“女土蝠，虛日鼠，危月燕，子也”的格局。[5] 清代李長卿在《松霞館贅言》認為，二十八宿配動物“即前十二屬加壹倍者也“，“亢金龍，辰官也，角木蛟附焉。蛟，龍類也”，體現十二生肖為基礎湊齊二十八種星宿動物。[5] 但該說難免有附會，二八星宿配動物的記載要晚於十二生肖。
歲星說
十二生肖方雄楚
十二生肖方雄楚
木星十二年運行壹周天，從木星位置可確定年度支序。《玉函山房輯佚書》認為每十二年，“三歲穰，三歲毀，三歲康，三歲旱”，另說是“天下六歲壹穰，六歲壹康，幾十二歲壹饑”。[4] 植物興衰和動物生活環境存在周期，食草動物（鼠、牛、馬、羊）和肉食雜食動物在不同年份的生活條件大不相同，不同年份出生的人如能模仿當年生長旺盛的動物，從而形成生肖動物，以此推定動物興衰與木星年有關，十二生肖和十二辰相統壹。[6]
圖騰說
十二生肖陶瓷
十二生肖陶瓷
原始社會的先民常用某種動物、無生物或自然現象的圖形作為本氏族的保護神和標誌，即圖騰。《山海經》諸如人和野獸的混合形象形象就是遠古各地的圖騰神。[7] 夏族的圖騰是熊或魚，商族的圖騰是玄鳥，周族的圖騰則有龍、鳥、龜、犬、虎諸說。[8] 十二生肖除龍為虛幻之物，其余皆是日常可見。其中可分兩類，即“六畜”（馬牛羊雞狗豬）和“六獸”（鼠虎兔龍蛇猴），前者是人們為了經濟目的而馴養，後者則壹定程度騷擾人類生活，先民對其心生畏懼的動物。[9] 因此這些動物被作為本氏族的名號標記來崇拜。
民族學者劉堯漢從彜族的圖騰遺跡，反推“十二獸歷”的來源，桂西彜和毛道彜的十二獸歷法將人與紀歷十二獸同列，“是原始人人獸不分的思想意識在現實的遺留”。至今彜族仍用十二獸歷紀日並用於集市之名（如虎街、兔街）。[10] 《史記·五帝本紀》記述黃帝“教熊羆貔貅軀虎，以與炎帝戰於阪泉之野”，文中所言是各部落圖騰，絕非真有降龍伏虎本領。十二生肖來源於原始社會的圖騰崇拜，成令人信服的學說。
外來說
十二生肖漢白玉雕塑
十二生肖漢白玉雕塑
清代趙翼在《陔余叢考》中，“蓋北俗初無所謂子醜寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之類分紀歲時，浸尋流傳於中國，遂相沿不廢耳”，認定生肖的外來性質。
郭沫若在《釋幹支》中，認為生肖源於巴比倫的黃道十二宮，漢代西域諸國仿十二宮而造十二生肖。[11] 古希臘、古埃及、巴比倫等古國也有類似的十二生肖，僅動物不同，由此中國的生肖也許並非首創。但秦簡的出土推翻此說，世界各國都有類似的動物崇拜，反加強圖騰說的合理性。