清朝時，寺廟壹直衰敗，未能恢復明朝初年的規模。光緒十壹年(1885年)，住持通源法師手敲木魚，四處募化，重修了大雄寶殿。今天在大雄寶殿還掛著這樣的楹聯：“伏虎初興慈壽寺，敲魚重振古囊山”。1908年，源智、慧賢法師相繼興建禪堂、齋堂、庫房、客室、鐘鼓樓、伽藍殿、祖師殿、功德堂及左右兩廊。1932年住持化光及證明、妙義法師又重建方丈室和山門。這些建築都采用磚木混合結構，至今保存完好。中華人民***和國成立後，人民政府十分註意囊山慈壽寺的保護和維修工作，支持僧眾按照佛教叢林規章管好這壹千年古剎。1951年，在海外僑僧資助下，修建了辟支巖了塔，創建茶毗場，增建了藏經閣。1956年，住持化光法師主持樹立了《囊山慈壽禪寺歷代中興碑記》。到“文化大革命”前，寺中仍住僧30余人。
“文化大革命”中，僧眾流散，停止了佛事活動。中國***產黨十壹屆三中全會以後，宗教信仰自由政策得到恢復和落實。1981年，囊山慈壽寺經政府批淮作為佛教活動場所重新開放，僧人重新回到寺內，過著正常的宗教生活，同時募集資金，重塑佛像，對殿堂進行全面修復。1983年，慈壽寺被列為漢族地區佛教全國重點寺廟後，加快修復的步伐。23名僧人發揚“農禪並重”的優良傳統，耕種田地、看護山林，開墾耕地。囊山慈壽寺在海外擁有6個下院，如馬來西亞的紫竹亭、觀音亭、慈光亭，印度尼西亞的金德院、廖內島媽祖宮和茂物福德廟等。2013年以來這些下院不斷前來朝拜祖庭，增進了了解和友誼。可以矗立至今。