1、含義不同：協助就是從旁幫助，輔助。可以是別人協助自己，也可以是自己協助別人。在當今的發展階段，還有電腦遠程協助等詞出現，所謂協作，就是指協調兩個或者兩個以上的不同資源或者個體，協作壹致地完成某壹目標的過程或能力。
2、詞語來源不同：協助壹詞出自明末小說家馮夢龍《東周列國誌》第五回：只有宋國忌公子馮在鄭，實心協助。意思是：只有宋國因為怕他們前君主的兒子公子馮在鄭國，所以才真心幫助鄭國。協作壹詞來自古希臘語，或曰協和、同步、和諧、協調、合作。
3、側重點不同：協助強調壹方或多方對主要的壹方提供幫助、輔助，其作用有主次之分。協作強調互相配合，雙方或多方起到的作用無主次之分。