這些非天然的食品是否會給人類帶來危害呢？盡管將轉基因技術應用在食品的生產或制造有諸多好處，但在評估食品的安全性時,仍必須分析由基因改造所產生之預期及非預期效果。由於轉基因食品不同於相同生物來源之傳統食品，遺傳性狀的改變，將可能影響細胞內之蛋白質組成，進而造成成份濃度變化或新的代謝物生成，其結果可能導致有毒物質產生或引起人的過敏癥狀，甚至有人懷疑基因會在人體內發生轉移，造成難以想妳的後果。
轉基因食品潛在危害包括：食物內所產生的新毒素和過敏原; 不自然食物所引起其它損害健康的影響; 應用在農作物上的化學藥品增加水和食物的汙染; 抗除草劑的雜草會產生; 疾病的散播跨越物種障礙; 農作物的生物多樣化的損失; 生態平衡的幹擾。
例如，已經發現壹種基因工程大豆會引起嚴重的過敏反應；用基因工程細菌生產的食品添加劑色氨酸曾導致37人死亡和1500多人殘廢。最近發現，在美國許多超級市場中的牛奶中含有在牧場中施用過的基因工程的牛生長激素。壹著名的基因工程公司生產的西紅柿耐儲藏、便於運輸，但它們含有對抗抗生素的抗藥基因，這些基因可以存留在人體內。人造的特性和不可避免的不完美會壹代壹代的流傳下去，影響其它有關及無關的生物,它們將永遠無法被收回或控制, 後果是目前無法估計的。