1）體積小。其體積之小，可同時容納1萬億個此類計算機於壹支試管中。
2）存貯量大。1立方米的DNA溶液，可以存貯1萬億億的二進制數據。1立方厘米空間的DNA可儲存的資料量超過1兆片CD容量。
3）運算快。其運算速度可以達到每秒10億次，十幾個小時的DNA計算，相當於所有電腦問世以來的總運算量。
4）耗能低。DNA計算機的能耗非常低，僅相當於普通電腦的10億分之壹。如果放置在活體細胞內，能耗還會更低。
5）並行性。普通電腦采用的都是以順序執行指令的方式運算，由於DNA獨特的數據結構，數以億計的DNA計算機可以同時從不同角度處理壹個問題，工作壹次可以進行10億次運算，即並行的方式工作，大大提高了效率。
此外，DNA計算機能夠使科學觀察與化學反應同步，節省大筆的科研經費。
缺點：
不過，由於受目前生物技術水平的限制，DNA計算過程中，前期DNA分子鏈的創造和後期DNA分子鏈的挑選，要耗費相當的工作量。比如，阿德勒曼的“試管電腦”在幾秒鐘內就得出結果，但是他卻花掉數周的時間去挑選正確的結果。還有，如果實驗中城市數目增加到200個，那麽計算所需的DNA重量將會超過地球的重量。而且數以億計的DNA分子非常復雜，在反應過程中很容易發生變質和損傷，甚至試管壁吸附殘留都可能發生致命錯誤。因此，DNA計算機真正進入現實生活尚需時日。