軍旗玩法的規則包括翻棋、暗棋、明棋三種。
1、翻棋
棋子字面朝下擺放，將棋子背面朝上後打亂，擺在兵站上。遊戲開始時，玩家依次進行翻棋，首先翻出要使用的棋子，然後雙方針對牌局進行布局對抗。
2、暗棋
棋子立起不讓對方看見，需要裁判。
3、明棋
棋子正面朝上，雙方各自拿棋子布局。布局時炸彈不能放在第壹行，地雷只能放在最後兩行，軍旗只能放在大本營。當四人對弈時，四個人在棋盤上分占四角，分為兩方陣營，兩兩聯合進行作戰；兩人遊戲時，各自為壹個陣營，棋盤布局為上下布局。
軍棋棋盤介紹：
1、兵站
棋子的擺放位置，每方23個。
2、鐵路線
棋盤上的粗線，是棋子的快行線，只要在直線上棋子走的步數都不限（除了工兵以外，其他棋子都不許拐彎），工兵行棋比較特殊，只要在鐵路線上，在沒有擋路的情況下，可以拐彎。
3、公路線
棋盤上的細線，棋子慢行線，每次只能移動壹步。
4、行營
在行營中的棋子可以免受其他任何棋子的攻擊，每方5個。
5、大本營
每方兩個大本營，其中壹個必須放置軍旗，另壹個隨意擺放棋子，但是大本營內的棋子不能移動。