《史記》對後世史學和文學的發展都產生了深遠影響。其首創的紀傳體編史方法為後來歷代“正史”所傳承。稱為“二十四史”之首。作為紀傳體,它又不同於以前史書所采用過的以年代先後為次序的編年體,或以地域為編限的國別體,而是以人物傳記為中心來反映歷史內容。這在史學體例上是影響極為深遠的創舉。從此以後,從班固的《漢書》到民國初期《清史稿》,近兩千年間歷代所修正史,盡管在個別名目上有某些增改,但最重要的 紀 、 傳 ,都絕無例外地沿襲《史記》體例,而成為傳統。同時,《史記》還被認為是壹部優秀的文學著作,在中國文學史上有重要地位,被魯迅譽為“史家之絕唱,無韻之離騷”,有很高的文學價值。
但必須特別指出的是,由於司馬遷受時代的限制,《史記》也存在某些缺點與不足之處。例如,存在“天命”、災異和歷史循環論的神秘思想的影響。在《六國年表序》論述秦並天下的原因時,指出這是“天所助”的結果。在《天官書》中,記述各種特殊的自然天象時,常常與人事聯系在壹起,更多地表現了災異的神秘思想。這些說明《史記》在“究天人之際”時,仍然沒有完全擺脫“天人感應”神學思想的影響。