柯南、哀和少年偵探團接到了1年級A班的杉浦開人的委托。開人的父親是木馬莊公寓的所有人，公寓裏的3個住戶中，有壹個人很可疑，所以，希望偵探團能夠阻止他做壞事。第二天，柯南他們來到木馬莊公寓，卻發現公寓在壹場火災中付之壹炬。在火災後的廢墟內，柯南他們發現了開人的日記。在開人的日記中，開人把這3個住戶分別記錄為紅、白、黃色。從日記的內容來看，黃色的人是縱火者…。
510 W暗號之謎(W暗號ミステリー) 2008/07/28 ┣漫畫第60卷.File5 and 漫畫第61卷.File8┫
放火燒毀木馬莊的嫌疑犯有三人，分別是細井、沖矢、真壁。柯南解讀了開人的日記，識破了犯人的真面目。之後，有壹位原本住在木馬莊的住戶，決定在找到新住所之前，暫時借住工藤家。幾天後，蘭和園子壹起去工藤家打掃房間，遇見了這個人。園子認為這個人有壹定的推理能力，便向蘭提議讓他和新壹決壹勝負。於是，兩個人的推理對決揭開了帷幕…。
511 推理対決！新壹VS沖矢昴(推理對決！新壹VS沖矢昴) 2008/08/04 ┣漫畫第61卷.File9-10┫
柯南從蘭那裏收到了郵件，關於新的紙飛機的圖像。柯南認為紙飛機上的圖案是摩斯電碼 。沖矢也推理出飛出紙飛機的人被囚禁在手機服務區外。之後，電視裏報道了逃逸中的綁架犯已自殺的新聞。但是，被綁架的造船會社社長依舊行蹤不明。沖矢推理認為那位社長是為了避開兇手的監視才放飛紙飛機的…。
512 破碎的十二星座圖 （砕けたホロスコープ） 2008/08/11 ┣動畫原創┫
雜誌的企劃安排了小五郎和占蔔師紫條麗華談話，編輯田村雅生、星空出版社社長葛城健輔、柯南、蘭也在現場。談話結束後，女演員綠川來找紫條麗華占蔔。之後，紫條麗華為了占蔔小五郎的命運，壹個人呆在2樓的房間裏。當夜，紫條麗華壹直沒有出現，柯南他們非常擔心，便從陽臺上窺探紫條麗華的房間，竟然發現紫條麗華倒在血泊中...
513~514 殺意源自咖啡之香（殺意はコーヒーの香り）┣漫畫第60卷.File9-11┫2008/09/01 2008/09/08
毛利小五郎接到制作會社社長染井的委托，將要出演偵探24小時零距離接觸的電視節目。之後，為了洽談節目的制作，小五郎、柯南、蘭和染井壹起來到了東都TV制作人中目賴策的公寓。可是，按了好久的門鈴，也沒有人來開門。染井說，最近中目的情緒不太好，說過想自殺，出於擔心染井的生命安全，他向公寓管理員借了鑰匙，開門而入，發現染井竟然已經死在了家中…。
TV制作人中目在自己家中被毒殺了，是壹起密室殺人事件。高木詢問了染井的下屬後，得知案發時間染井在制作公司附近的藥店。據藥店的店員稱，當時，分別有小五郎和舞子小姐打電話給染井。之後，柯南註意到桌子上蛋糕的切痕以及從植物盆栽飄出的咖啡香，確定了染井率先進入這個房間的目的…。
515 怪盜基德的瞬間移動魔術（怪盜キッドの瞬間移動魔術）2008/10/20 ┣漫畫第61卷.File1-4┫
（1小時特別篇）
園子的叔父鈴木次郎吉計劃拿出傳說中的“紫紅之履”水晶鞋誘捕怪盜基德，他想到基德總是在高空出沒，便心生壹計----將“紫紅之履”放在東京銀座的十字路口進行展示。在柯南等眾多圍觀群眾無數雙眼睛的註視下，身背滑翔機的基德出現在十字路口的上空，隨後，降落在展示臺上。鈴木次郎吉立刻向手下的工作人員發出指令，瞬間，十字路口出現了壹張四角大網，網高20米左右，把基德圍了起來。鈴木次郎吉自信必勝無疑，沒想到基德從容不迫地拿到了水晶鞋，還宣稱要表演瞬間移動的魔術
516 風林火山 迷宮的鎧甲武士 (風林火山 迷宮の鎧武者) 2008/11/03 ┣漫畫第59卷.File5-10┫（1小時特別篇）
小五郎帶著柯南、蘭前去拜訪居住在長野縣的虎田家，從當家人虎田直信那裏聽說了他兒子義郎摔死的事情。直信的妻子達榮認為，兒子的死與虎田家的仇家龍尾家有關。另壹邊，在龍尾家，遠道而來的平次和和葉從龍尾家的當家人龍尾為史處聽說了其兒子康司被打死的事情。為史的母親盛戴認為，孫子的死與仇家虎田家有關。分別受到兩家人委托的柯南和平次再次相見，並***同追查事件的真相。可是，在柯南和平次找出犯人之前，又發生了新的殺人事件…。
517 風林火山 陰與雷光的終結 (風林火山 陰と雷光の決著) 2008/11/10 ┣漫畫第59卷.File5-10┫
這次死去的是繁次。繁次是觸電身亡的，意味著“風林火山”中的“火”「火」。大家都認為，以“風林火山”為殺人手法的連續殺人事件到此結束了。之後，在鐵道旁發現了記錄著尋找寶藏的過程的記事本，記事本同時也是交換日記本，上面記錄著6年前誤殺甲斐的事實！由此，敢助推理出，繁次就是這壹連串殺人事件的真兇，他為了將6年前事件的真相永遠地掩埋起來，不惜殺死了當年的3個同夥，最後又了結了自己的生命...
518 明治維新神秘之旅（探索篇）（明治維新ミステリーツアー（探索編）） 2008/12/01 ┣動畫原創┫
小早川公子希望獲知祖父遺留下的日記為何成為搶奪目標的理由，便委托小五郎進行調查。柯南發現日記隱藏著壹段“11月30日，黃昏時分才能映出寶藏的真相。才能解開狐貍的謎題”的暗號。很巧合的是11月30日正好是次日。據說祖父生前，擁有富可敵國的財寶。柯南等人為了破解暗號，決定前往公子的娘家，位於島根的津和野…。
519 明治維新神秘之旅（解讀篇）（明治維新ミステリーツアー（解読編）） 2008/12/08 ┣動畫原創┫
柯南他們壹行人，解讀公子的祖父所留下的日記本上的暗號，尋找寶物。途中，公子、光彥、哀他們被蒙面男子綁架。為了同伴的安全，柯南解開了壹個又壹個暗號，終於找到了裝著寶物的木箱。此時，蒙面男子出現，並以光彥他們為人質，要求柯南把木箱遞給他。柯南向小五郎發射了麻醉槍，開始了推理…。
520 紅酒的告發 （ワインレッドの告発）2008/12/15 ┣動畫原創┫
柯南和小五郎壹行人為了祝賀日本葡萄酒協會會長廣瀨先生七十壽辰，前往會社社長本城的山莊。晚宴前，柯南和蘭決定壹起乘坐索道前往山頂，在山莊外看到了本城和翻譯家赤丸正在爭吵的身影。之後，柯南在前往山頂的纜車中，目睹了本城手持磚塊砸向赤丸頭部的犯罪行徑！從纜車上下來後，柯南調查了山莊及其周邊，卻找不到赤丸的屍體…。