毛巾消毒最常用的方法就是蒸煮法，使用起來方便又可靠，只要將毛巾先用開水沸煮十分鐘左右之後用肥皂水清洗，而且肥皂也有壹定的消毒效果，然後再晾幹即可。
2、紫外線消毒
紫外線消毒方法比較有效，消毒時可以使用紫外線燈管，紫外線對壹般細菌、病毒有殺毒的作用。對汙染的毛巾表面進行消毒時，燈管距表面不超過1m，燈管周圍1.5～2cm處為消毒有效範圍。消毒時間為1～2小時。
3、化學消毒法
化學消毒法也是常用的壹種。主要是采用化學藥劑進行殺毒，消毒劑可以選擇稀釋200倍的清洗消毒劑或0.1%的洗必泰。將毛巾浸泡在溶液中15分鐘以上，取出毛巾後用水清洗，再將殘留的消毒劑去除幹凈，晾幹後就可以使用了。
4、高壓蒸汽法
高壓蒸氣消毒是醫院采用的壹種較為常見的方法，是壹種可靠、經濟、快速滅菌的方法，滅菌後不會殘留病毒，121℃滅菌時間為30分鐘，126℃為20分鐘