影片中第壹次美軍空襲過後，有人在燃燒的廢墟前憤怒而又無助的高喊：“我們到底做錯了什麽，為什麽要趕盡殺絕！”是的，作為民眾的日本國人也只是日本軍國主義所發動戰爭的犧牲品，但比起被自己的國家所帶去災難的國家的人民這句問話便顯得如此蒼白無力，其實《螢》並沒有表現對美軍的仇視，有的只是對未來的迷茫和對現實的無奈。
在第二次世界大戰末期，美軍對日本采取了長期的轟炸，故事主人公的母親在壹次空襲喪生，作為艦長的父親也在戰爭中杳無音信，留下了年僅14歲的清太和4歲妹妹節子住到了遠房姨媽的家中，過起了寄人籬下的生活。
人在難以自保的情況下難免會變的自私起來，隨著戰勢的惡化，生活變得越發艱難，兄妹倆與遠房姨媽的關系變得越發不和，最終由於忍受不了姨媽冷言冷語的清太帶著妹妹離開了姨媽家住到了壹個廢棄的防空洞中，日子過得艱苦，但卻快活。
為了在黑夜裏給防控洞帶來光亮，哥哥清太抓來螢火蟲放到了兩人蚊帳裏，看著洞中飛舞的螢火蟲哥哥帶著興奮給妹妹講起了自己去父親的軍艦觀看閱軍的情景，激動之余唱起了軍國主義激勵士氣奔赴戰場的軍歌，並擺出了開槍的姿勢，然而接下來的壹剎那，清太沈寂了下來，看著自己與妹妹的處境，又想起了生死未蔔的父親，激情被漆黑夜色吸吮，隨著螢火蟲的飛舞而消散殆盡。這壹心境的落差正是監督對發動這場戰的日本軍國主義的抨擊，曾經鼓舞著人們奔赴戰場，帶來的卻是飛蛾撲火的災難，那些鼓吹戰爭的謊言都在殘酷的現實面前沒了底氣。
當影片接近尾聲清太得知日本無條件投降時，先是發問“投降了，那我們豈不是戰敗了！”本以為他會帶著戰敗恥辱的心情繼續發問，然而接下來這句卻是“我們投降了，是不是意味著不用打仗了？”這才是當時日本國民最真切的的渴望。然而，戰爭的結束並沒有阻止悲劇的繼續，海軍的全滅，父親的陣亡撲滅了最後壹絲希望，清太在拿著救濟金返回的路上，悲痛絕望的自語“爸爸，妳不要死，妳死了我們怎麽辦？”影片中每壹句話語都是那麽的切合實際。作為哥哥，清太此時最關心的是如何能養活妹妹和自己。
作為哥哥的清太為了妹妹表現得實在太堅強了，母親的死壹直隱瞞著妹妹，將痛苦獨自壹個人承擔了下來，有努力的照顧妹妹，為了給的病的妹妹做點好吃的去農田裏偷盜，結果農夫抓到痛打得遍體鱗傷又送到了警署。
“那天，姨媽告訴我，媽媽已經死了，埋在地底下。”
原來自己壹直隱瞞的事實妹妹早已知道，此時積壓的悲傷再也按捺不住了，淚水順著臉頰流淌下來，這也是片中清太第壹次落淚，但在妹妹面前他還是強壓著悲傷哽咽著，沒有發出聲來。
“為什麽媽媽和螢火蟲都那麽快死？”
當節子埋葬死去的螢火蟲時這樣問著哥哥，這讓人不免聯想起櫻花來，作為日本的國花，櫻花有著短暫的盛開和絢爛的雕零，比起櫻花螢火蟲的命運似乎更為悲慘，它生活在夜間，在黑夜裏發散著微弱的光亮，像是殘喘而又掙紮的希望，然而當黎明的曙光真的出現它的光亮卻消失了，慘淡的死去，又有誰能為它立上墓碑？故事的借喻在這裏變得明朗，戰亂中的這對兄妹，就好像是黑夜裏的螢火蟲之光悄然的飛向那落寞結局……
其實何止這兩兄妹的命運如此淒涼，動畫只是借兩兄妹的遭遇來表現這整個時代的悲劇，片頭哥哥餓死在街頭，到了晚上有人來清理街道時，除了清太還有幾個孩子躺在壹邊，其中有的已經不行了，不過，剩下能夠救活的又有誰來救呢？
作為國人不得不撇開動畫，想想我們自己，因為我們才是這場戰爭最大的受害者，在為日本無辜生命落淚的同時是否應該想得更多壹些呢！我們才更是被卷入這場罪行的無辜受害者！如果我們戰敗，或許連螢火蟲的命運都比不上。想到國產動畫的發展，也許國內的審批制度是嚴格了些，但我們的制作方也做出壹部這樣的動畫來，想不出什麽樣的審批能限制得了。不要總是年輕的壹代沈浸在他人的悲傷，忘記了自己的傷痛。
《螢火蟲之墓》不但為我們展現了戰爭的殘酷，也生動的描繪了這樣環境下人情的冷暖，當遠方的姨媽得知兄妹兩人的母親已去世，又得不到作為海軍軍官的父親的援助時，開始後悔收留這對孩子。夜晚的飯桌上，同樣的壹鍋飯為兄妹倆盛的是鍋中稀湯，而自己的兒女碗中的這是滿滿的食物，偏愛自己的孩子是人之常情，但做得如此露骨，連拿起飯碗準備吃飯的女兒，在看到身邊只有四歲大的節子在喝著稀湯時，都紅起了臉來。當兄妹倆最終被逼走時，姨媽那自私的嘴角冒出的最後壹句話“我沒勉強妳們離開，是妳們要走的。”但當她為兄妹倆的離開而得以的準備回屋時，卻聽得4歲節子歡快的笑聲。
隨著生活的日益艱苦，節子的身體漸漸垮了下來，當哥哥背著病重的妹妹來到醫院時，卻只是得來了“只是營養不良”這樣的答復，“回去多吃點有營養的就行了”聽得這話氣得清太嚷道“我連吃的吃不飽，還能說什麽營養！”在這樣飽經戰亂的年代，甚至連瓶抗生素的難以找到。
看著往日活潑可愛的妹妹壹日比壹日的消瘦憔悴的身體，觀眾的心也好似青苔壹樣的難受，就好象上面放了塊鉛石，壓得人喘不過氣來。
“哥哥，妳吃吧
……
為什麽不吃呢，嫌太硬嗎”
當清太用救濟金買來食物時，卻發現病重妹妹已產生幻覺將石塊當做蛋糕吃。
“哥哥，妳真疼我。”妹妹看起來更加懂事了，然而這卻成了妹妹說的最後壹句話。
其實早在動畫的開始，便用倒敘的方式道出了兄妹雙亡的事實，但當故事進行得獎結局迫近之時，人們卻仍未做好足夠的心理準備，甚至還苛求奇跡的發生。
動畫的最後，深夜裏清太孤獨的坐在妹妹火葬的木炭余灰邊，嚼著手中臟兮兮的飯團，漸漸的畫面變成了暖紅色，哥哥手中的飯團也變成了以前妹妹最愛的糖果盒，身上的衣服破舊的衣服變成了整齊的制服，耳邊再壹次傳來了妹妹清脆的聲音，
“哥哥……”
在螢火的照耀下妹妹從不遠處跑來，拿起哥哥膝上的娃娃，接過哥哥手中的糖果盒，
“夜深了，快些睡吧。”接著妹妹便枕在哥哥的腿上安然入睡，空蕩蕩的夜幕下，只留下這對兄妹依偎著的那模糊又微小身影，還有縈繞夜空中的螢火蟲。
鏡頭緩慢擡升，透過依稀的松木放眼望去，兄妹倆入眠的山的腳下竟是燈火通明的高樓與金碧輝煌的大廈。時過境遷、物是人非，戰火過後的日本在經過幾代人的努力迎來了嶄新的生活，然而，螢火蟲卻不能夠迎接這新時代的曙光。