2013年9月13日，受雷暴雲團影響，瞬間暴雨侵城。在狂風暴雨的兇猛襲擊之下，上海部分地區降水量超過100毫米，氣象臺在16時44分升級預警級別，發出了罕見的暴雨“紅牌”警告。
正逢交通高峰時段的這場暴雨，給地面交通帶來嚴重影響，幾乎已經癱瘓。浦東主幹道世紀大道路段積水沒過了車輪，不時有小車拋錨。市區各個高架道路上車流緩慢，出現擁堵。
與此同時，上海地鐵多條線路也因暴雨影響正常運營。正值下班晚高峰時候，造成車站內乘客大量積壓。
下午4時許，6號線因供電設備故障，雲山路往五洲大道方向列車限速運行，發車班次間隔延長。隨後港城路至五洲大道、雲山路至東方體育中心小交路運行，五洲大道至雲山路方向單線雙向運行。
後因外部雨水倒灌，引發2號線信號設備故障，人民廣場往廣蘭路方向列車限速運行，世紀大道站因大客流已采取進壹步限流措施，4、6號線采取壹列隔壹列跳站運行模式。隨著積水情況加劇，人民廣場至上海科技館站列車只能暫停運行，2號線交路調整為徐涇東至人民廣場、廣蘭路至上海科技館小交路運行。同時，2號線中山公園、江蘇路、靜安寺、人民廣場、南京東路、世紀大道等所有換乘車站的換入均采取限流措施。陸家嘴、東昌路站采取只出不進的限流措施。