漢宮飛燕講述了趙飛燕及其妹妹趙合德傳奇壹生的故事。
趙飛燕和趙合德，壹個溫柔典雅，壹個果斷有魄力，不同的性格決定了她們不同的命運。她們本是郡主的私生女，後來被生父帶到姑蘇撫養，直到父親去世的時候才告訴她們身世。
二人帶著父親的囑托到長安投親，受盡姑母的白眼和人情冷暖，後來因緣際會進入陽阿公主府做舞妓。趙飛燕身姿輕盈，擅長舞蹈。她的美貌、舞姿很快吸引了皇帝的註意，並詔她入宮。可此時飛燕已經有心上人方子春，兩人私定終身，***赴巫山。
方子春為了能風風光光迎娶她，遠赴邊塞駐軍，希望建功立業，衣錦還鄉，飛燕又如何能背棄這段感情。更何況，她已經失去貞潔，如果進宮被皇帝發現，也是死路壹條，並連累更多人。進退兩難，飛燕想要壹死了之。
看著飛燕痛不欲生，合德站了出來。她替姐姐進宮，成全她的愛情。合德為了姐姐，是願意犧牲壹切的，但是世間沒有無緣無故的愛，如果有，其中附著的代價壹旦被索取，壹定是難以承受的。
飛燕從小愛護合德，少時家裏貧困，每次有好吃的，她壹定會留給妹妹。這份溫情，合德始終記在心中，她願意用壹切回報，這也是她後來行事的邏輯。合德進宮不久，就被發現是冒牌的趙飛燕，皇上便想盡壹切辦法讓飛燕進宮。
為了斷掉飛燕的念想，陽阿公主和弄臣張放編造了方子春戰死的消息。愛人去世，妹妹在宮中前途難料，她只得進宮。從她進宮的那壹刻，合德就在為飛燕謀劃。
合德本來被皇上專寵，為了姐姐，她把皇帝拒之門外。她知道飛燕的初夜已經失去，便割破手指，將血藏進壹個圓球中給飛燕，讓她可以“見紅”。
姐妹兩個獲得的皇寵，讓她們成了許皇後（戴春榮飾）的眼中釘，合德便用巫蠱之術設計許皇後，讓她被打進冷宮，族人被株連九族。
許皇後被廢黜後，她心心念念讓飛燕當皇後。即使她明明更有機會，她卻從來沒有生出與姐姐爭寵爭權的想法。
後來方子春回到長安，飛燕情難自抑，給皇帝帶了綠帽，在她的斡旋下，皇帝不但沒有懲罰飛燕，還復寵於她。如果沒有合德的心計，以飛燕的性格，恐怕早就在宮廷鬥爭中喪命。飛燕進宮之後，幾乎沒費什麽力氣就當了皇後，背後都是妹妹合德的成全。
可是，身處被浮華遮蓋的皇宮，看慣了頃刻間的榮辱變換，她們如何守得住初心？合德對飛燕無私，當然不能接受姐姐有事情瞞著她。
在她心中，姐妹應該無比坦誠，不應該擁有秘密，尤其是在她為飛燕付出如此多之後，就更加無法接受姐姐對她的隱瞞。當飛燕與方子春在宮中幽會，並瞞著合德又被合德識破的時候，兩人之間的關系已經有了裂痕。
合德第壹次對姐姐自私，是因為息肌丸。姐妹兩個為了保持身材壹直服用息肌丸，可當合德得知息肌丸的副作用是不能懷孕的時候，她並沒有告訴飛燕。因為她不希望飛燕先生下皇子，導致自己失去皇帝的寵幸。
後來飛燕詐孕，以穩固皇帝對自己的恩寵，並在這個過程中知道了息肌丸的秘密。在合德看來，飛燕詐孕是與自己爭寵；在飛燕看來，合德不告訴自己息肌丸的危害更是自私。從此，兩姐妹徹底撕破臉。
合德對外散布飛燕詐孕的傳聞，當傳聞進入皇帝耳中之後，新仇（詐孕）舊恨（被綠）壹起算，飛燕徹底失去皇帝的寵幸，之後合德壹人專寵。
絕對無私的關系是危險的，因為絕對無私要求的是絕對的坦白、純潔、甚至是服從，但人都是有欲望的，也是有自私的基因的，如何能長久無私？而壹旦這種關系開始被破壞，便勢如山崩，無可挽救。
詐孕的事情敗露後，飛燕已經無心爭寵，選擇讓壹切都順其自然。她本來就不是強勢和有心計的人，從前有合德推波助瀾，又有生存危機，她只好向前。
而今與妹妹感情破裂，她的摯愛方子春也因為兩人奸情敗露，為了她自殺。她所在意的，全部離她而去，她沒了爭的動力，只覺得活著辛苦。
飛燕越來越消極，合德卻越來越跋扈，仗著皇帝的寵愛，殺害皇子，四處得罪人。當皇帝因為縱情聲色，身體越來越虛弱，她又用回春丹把皇帝鎖在自己身邊，甚至背叛皇帝，和淳於長私通，以求生下“龍子”。
她在淳於長懷中縱情，皇帝卻被他玩弄於股掌。她開心，就讓皇帝進入自己的宮殿，她不開心，就讓皇帝吃閉門羹。
合德是壹個有魄力，有野心的女人，她想要掌控自己的命運，不甘於被人壓迫，所以，她用心計和殺戮保住自己的地位。但她過於相信自己，過於睥睨他人，以至於沒有給自己留退路。
漢成帝去世後，因為樹敵太多，她只能自殺，這對她而言最體面的死法。反觀趙飛燕，因為放棄爭寵，反而做了五年的皇太後。只不過，當她支持的短命皇帝歸西後，她同樣步了合德的後塵，投水自盡。