相傳唐朝前，這裏還是壹片草長鶯飛、野獸出沒的不毛之地，經考古發現，山上有“二石室及巨人跡石”和新石器時代的遺物(石斧等)，為古人穴居之所，故稱石室巖。唐朝鹹通年間(公元860-873年)，妙應禪師雲遊鳳凰山，在這裏找到壹處石洞(室)，遂在洞內習禪清修、潛心佛學，並開始在此建寺。他壹生造寺多座，如囊山寺、國歡寺、梵林庵等。年輕時棲隱於此。壹日外出，在坡上突遇二虎，他道高膽大，不慌不忙，伺機壹躍，跨虎背、捋虎須，用竹杖、禪理制（馴）服二虎。至今寺前仍存有壹塊刻著宋方左鉞“伏虎巖”的篆書石刻，風骨遒勁，石室巖也被稱為伏虎巖。後來妙應禪師出入石室巖、紫霄巖、襄山等地，“坐則多日不食，行則二虎相隨”，他“性通九流之門”，“善相地脈”，精通醫術，有極高的道行，被世人尊為得道高僧。相傳在他圓寂後的數百年間，他的許多讖語、預測得到應驗。後被朝廷溢為“妙應禪師”，賜封“圓智大師”，莆人對他更加謨拜，石室巖也因他而聲名鵲起，被視為古剎寶地。