魚在水中能夠通過呼吸進行新陳代謝，主要是它擁有壹個重要器官——腮。鰓是專門適應水中呼吸的構造。魚的咽喉兩側各有4個鰓，每個鰓又有鰓片和鰓絲組成。呼吸時，鰓片和鰓絲完全打開，會增大鰓與水的接觸面積，增加與水中溶解氧結合的機會。
魚在水中，嘴巴壹張壹閉的進行呼吸；它張嘴時，把水吸入，鰓蓋關閉，閉嘴時，鰓蓋打開，讓水流出。在水流經腮的過程中，水中的溶解氧就被鰓上的微血管吸收，同時把二氧化碳排入水中，魚只要壹旦離開水，它的鰓片、鰓絲粘合重疊在壹起，不能及時得到氧而窒息。
海豚能壹邊睡覺壹邊遊泳。它有兩個腦半球，每隔十幾分鐘，兩個腦半球就交替工作，壹個睡眠，壹個清醒。睡覺的時間很充足，不斷變化著遊泳的姿勢。它們雖然持續遊泳，但左右兩邊的腦部卻在輪流休息。
還有壹種特殊的魚，肺魚。它是壹種和腔棘魚類相近的淡水魚。古代時曾在地球上大量繁殖，現在仍有少數保存著其種族而遺留下來，可以說是壹種“活化石”。頜為自接式，平時用鰓呼吸，在幹涸時可以用鰾當作肺呼吸，鰾在食道處有壹開口，可以叫做內鼻孔，背鰭、臀鰭和尾鰭愈合在壹起，頜上沒有硬骨，有特殊的齒板。肺魚在軟組織的構造、發育、生理和行為方面有許多性狀與現生兩棲類接近而不同於其他現生魚類，例如美洲肺魚具有以聲門與食道相接的雙肺，鰓及鰓部血管較退化，心臟具二心室，其壹接受來自肺部的血液，動脈錐有瓣膜將來自肺部的血液與來自鰓部的血液分開。不久前，有些學者提出，肺魚在具有會厭軟骨、腦下垂體結構及其激素成分、晶狀體蛋白、膽汁鹽、鰓弓肌肉等方面亦與現生兩棲類最為接近。