分布不同：根主要是在植物的底部，壹般都是在地下；而莖主要是在植物的中軸部，壹般都是在地上。作用不同：根主要是用來負責吸收土壤裏面的水分以及各種營養物質，並且還具有支撐、繁殖、貯存等作用；而莖主要是用來傳遞水分以及各種營養物質來支持葉、花、果實在壹定空間中生長，有些還具有光合作用。結構不同：根可以分為根尖結構、初生結構、次生結構；而莖則分為初生結構、次生結構、橫切面。
有些也可以分為基礎結構區別，根沒有節和節間，不會長葉，莖會有塊莖和根狀莖等，上面有葉子，還會開花。其次生長環境區別，根生長在植物下端，莖主要生長在植物上端。然後紋理區別，根的表面會有紋理，有些還能看到皮孔，莖紋路很粗糙。總體來說莖肯定會有節，不管是什麽類型的莖，都可以找到節，可是根上面卻沒有節。同時作用也有區別，根主要就是吸收水分和養分的，莖的作用就是用來運輸養分和水分的。