生物醫學工程最好的大學排名如下：
1.東南大學。
2.華中科技大學。
3.上海交通大學。
4.清華大學。
拓展：
生物醫學工程大學最好的是東南大學。
東南大學：位於南京市，教育部直屬高校，雙壹流大學。學院的科學研究及學生培養方向瞄準21世紀主導學科即生命科學與電子信息科學，強調這兩個學科的交叉與滲透。學院在生命科學領域中的研究與應用處於國內領先水平且生物醫學工程為東南大學內的國家重點學科。
清華大學：位於北京市，國內著名高校，清華大學生物醫學工程專業是具有學士、碩士及博士授予權的壹級學科，並建立有獨立的博士後流動站，被評為國家重點學科。2002年由全國學位與研究生教育發展中心開展的壹級學科整體水平評估中，本專業在“學術聲譽”方面得100分，列全國同類專業第壹。
上海交通大學：位於上海市，是我國歷史最悠久的高等學府之壹，是教育部直屬、教育部與上海市***建的全國重點大學。2008年，上海交通大學生物醫學工程專業被列為教育部特色專業。僅有上海交大和東南大學的生物醫學工程學科在全國學科評估始終名列前三。
就業方向：學生就業的主要去向為研究機構，醫院影像、設備、臨床工程、信息中心等相關科室，醫療器械相關企業、事業單位，政府相關管理部門等。