根據上述職責，省旅遊局設6個內設機構：
(壹)辦公室
綜合協調局機關和直屬單位工作，督促重大事項的落實；負責局機關文電、會務、機要、檔案、信息、保密、統計、信訪、政務公開、新聞發布和機關內部規章制度建設等工作；起草重要文件、文稿；組織人大代表建議、政協委員提案辦理工作；負責國有資產管理、機關效能建設，組織協調信息化建設；負責省旅遊產業發展領導小組辦公室和省假日辦的具體工作。
(二)政策法規處
組織起草旅遊工作的地方性法規、政府規章，承擔有關立法規劃和協調工作；負責旅遊執法監督和行政復議工作；擬訂全省旅遊產業發展政策；指導旅遊公***服務體系建設；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；負責指導鄉村旅遊和工農業旅遊示範點評定。
(三)規劃財務處
擬訂全省旅遊發展規劃並組織實施，指導重點旅遊區域和旅遊項目開發；指導旅遊資源的開發和保護工作，組織指導A級旅遊景區評定；引導旅遊業社會投資和利用外資工作；承擔機關財務和內部審計工作；負責旅遊統計；承擔紅色旅遊有關工作。
(四)行業管理處
負責監督管理旅遊服務質量和市場秩序，受理旅遊質量投訴，指導全省旅遊精神文明建設和誠信體系建設；組織實施各類旅遊景區景點及旅遊住宿、旅行社、車船等旅遊設施和服務標準；負責旅行社和星級飯店的有關工作；監督檢查旅遊保險的實施情況；負責旅遊安全的綜合協調，會同有關部門查處重大旅遊安全事故和指導旅遊應急救援工作；指導全省旅遊目的地創建工作。
(五)市場開發處（港澳臺旅遊事務處）
承擔國內、國際旅遊市場開發工作；承擔旅遊對外合作、區域交流協作事務；組織全省旅遊整體形象、旅遊品牌的對外宣傳推廣；組織指導大型旅遊節慶活動和促銷活動；收集研究旅遊市場信息，向旅遊行業提供信息服務；管理和指導港澳臺旅遊相關工作，按規定承擔福建居民赴港澳臺旅遊的相關事務。
(六)人事處
承擔局機關和直屬單位的機構編制、人事管理等工作；擬訂並組織實施旅遊人才規劃；指導實施旅遊從業人員職業資格標準、等級標準，負責有關旅遊專業技術職務資格評審和職業技能鑒定；負責局機關離退休幹部工作。
機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。