普通納稅人從小規模購買的農產品可分為兩種情況：小規模納稅人銷售的農產品為自產自銷，小規模納稅人可按規定開具自產自售農產品免征增值稅發票（普通發票）。壹般納稅人取得自產自銷農產品免稅發票後，可按以下公式計算可抵扣進項稅：可抵扣進稅額=自產自賣農產品銷售發票金額×9%，用於深加工的，也可加計扣除1%。小規模納稅人銷售的農產品不是自產自銷，而是按照稅法開具了征收率為3%的增值稅專用發票。
壹般納稅人取得自產自銷農產品免稅發票後，可按以下公式計算進項稅額扣除額：可抵扣進項稅額=農產品增值稅專用發票，不含稅額×9%，用於深加工，可加計扣除1%。註：小規模納稅人銷售的農產品不屬於自產自銷，如果開具的增值稅專用發票稅率為1%，則只能按照發票註明的稅率抵扣；如果開具的是普通發票，則不可抵扣進項稅。
農民不為自己從農民手中購買的農產品開具發票，但購買者為購買農產品向農民開具發票。（部分地區不提供此類發票）農民銷售自己的農產品時，向稅務機關申請代開壹般發票免稅。從農場、農業合作社等購買自產農產品，並獲得農場、農業合作組織等開具的農產品銷售發票。註：根據《增值稅暫行條例》，銷售自產農產的農業生產者免征增值稅，因此，農產品購銷發票上只有“購進價”，不含稅。向壹般納稅人購買農產品時，可以依法取得增值稅專用發票。
如果企業經常向個體農業生產者購買自己的農產品，可以向主管稅務局申請購買農副產品的發票，並在購買時自行開具。或者，可以到稅務局申請由農業生產者代開免稅銷售票據。企業開具的農副產品采購發票和稅務局開具的免稅農產品銷售發票均可作為抵扣進項稅的憑證。