這部電影主要講了熱愛探索的喬恩對自己的繼父很不滿意，壹次喬恩收到了爺爺發來的電報，他和繼父破譯出來“島是真的”！喬恩忘乎所以地叫起來要去探險，繼父丈二和尚摸不著頭腦。喬恩拿出在《金銀島》、《神秘島》、《冒險島》三本書，喬恩繼父可是破譯能手，馬上就合成壹張地圖。於是喬恩就和繼父乘坐壹艘飛機去探險。正如書上所說在經過壹股強大的颶風之後來到了那座神秘島，哇，連綿起伏的高山形態各異，壹只可愛的大象爬過來，可是這兒的大象卻像小貓這麽小。原來那兒的東西和我們生活的東西都相反了。蜥蜴變得像恐龍那麽大，他們驚怕地四處逃竄，偶遇喬恩的爺爺，在爺爺的帶領下，他們坐著蜜蜂在天上飛，領略了古巴比倫城市，但是這兒馬上就要沈入海底了，他們毫不懼怕，利用自己的智慧冒著生命危險找到了“鸚鵡螺號”潛艇，及時地離開了神秘島。
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